2017年03月20日

【有志の会】ワトソンの閲覧者氏への反論の結論

Ooboe氏との討議とは関係がない。ntES細胞説(まあ全部クローンさ説)を掲げる閲覧者氏がなぜか、ワトソン氏のジャームとライントランスミッション実験以外でも、桂調査報告など引用してアクロシンGFPマウスが使われていたことを論証しようとしている様な議論であった。最低限閲覧者氏は小保方氏の証言を根拠とはしない議論を組み立てようとしただけかと思う。

以下は、それに対するワトソン氏の回答。まあ場外乱闘に近い。

561. J・ワトソン 2017年03月20日 13:11
これ以上議論しても、同じことの繰り返しであまり意味があるようには思えませんので、まとめてみたいと思います。

1)論文におけるSTAP細胞、STAP幹細胞、キメラマウスが、Acr/CAG-GFP入りであるという明確な証拠は論文のどこを探しても存在しない。ただし、仮に論文の実験をAcr/CAG-GFPマウスでやったとしても同じデータは得られるので、実験結果のみからはAcr/CAG-GFPマウスの実験であることを否定も肯定もできない。

2)論文のキメラマウスがGFPホモかヘテロかについては、桂調査委における若山氏の発言および「あの日」における小保方氏の発言が一致していることから、ヘテロであった可能性が高い。しかし、これについても、Acr/CAG-GFPマウスが使われていたから、あるいは、CAG-GFPマウスのコロニーがおかしかったから、この両方の可能性がありうる。

したがって、現時点において、論文の実験がCAG-GFPマウスで行われていたのかAcr/CAG-GFPマウスで行われていたのかを確定させることはできない。

しかし、キメラマウスの実験は、通常CAG-GFPマウスを使って行われるものである。STAP細胞からキメラマウスができるかどうかすら全く分からない段階で、若山氏がいきなりAcr/CAG-GFPマウスで実験を行い、そのことを隠してSTAP論文を書いた理由は何か?閲覧者さんの説明からは、さっぱりわからないのである。

562. J・ワトソン 2017年03月20日 13:34
558. 閲覧者さん

どうしてわからないのでしょうか?論文に載っているデータからはホモかヘテロかわからない。しかし、若山氏も小保方氏も論文に載っていないデータとして、キメラの子供の半数がGFP陰性だったことを観察している。とすれば実際はヘテロだった。実験計画通りならば、マウスの記載はCAG-GFPホモになるはずだったが、キメラの子供のデータを見てヘテロとした、ということでは?

何もおかしな点はないでしょう?一体何にこだわっていらっしゃるのか、さっぱりわかりません。

563. J・ワトソン 2017年03月20日 14:22
テラトーマについては、以前に書いたことですが、非常に重要ですので、もう一度説明し致します。

556. 閲覧者さん
>桂報告は正常の膵と小腸組織にはGFPが無いと結論しているんです。Oct4-GFPもAcr-GAG-GFPも無い。まず両方のGFPをPCRで調べて、OCT4-GFPがないと確認された。次にGFPの免疫抗体染色でGFPのある部分と無い部分が染め分けられたんです。

これ違うんですよ。桂調査委のテラトーマ解析の部分をよく読んでください。

>Oct4-GFP と Acr-GFP の区別を行うために、Oct4-GFP と Acr-GFP のそれぞれ の接続部分にプライマーを設定し、上記と同様に定量 PCR での定量を行った。

これが、DNAにOct4-GFP挿入なのかAcr-GFP挿入なのかを調べる実験です。

>その結果、Acr-GFP を検出するプライマーでは、実験群の「CD45 カルス-テラトーマ」 と陽性対照群 STAP 幹細胞 FLS4 から、それぞれ約 30 コピー、20 コピーのコピー数で検 出された。

結果はこれだけです。Oct4-GFPについての結果が記載されておりません。ですから、Oct4-GFPの入った組織はあったのかなかったのかわかりません。

564. J・ワトソン 2017年03月20日 14:23
つぎに免疫染色の結果です。

>4)テラトーマとマウス組織の区別
>「CD45 カルス-テラトーマ」の試料が GFP を恒常的に発現する Acr-GFP/CAG-GFP 細胞を含むことから、移植細胞に由来する組織とホストマウス由来の組織を GFP の抗体染色 で区別することを試みた。その結果、テラトーマ組織内に多くの GFP 陽性の細胞が確認 できた。他方、移植細胞に由来すると報告された小腸上皮(Article Fig.2e 右)と膵臓 (Article Extended Data Fig.4c)様の組織は GFP 陰性であり、テラトーマに由来する ものではなくホストマウスの組織であることが判明した。

もしこの小腸と膵臓の組織がOct4-GFP入りのテラトーマだったとしても、この免疫染色では陽性になりません。なぜなら、テラトーマの組織は分化した細胞からできておりますので、Oct4の発現は認められないからです。したがって、GFPタンパク質の発現も認められないのです。ですから、こんな方法で「ホストマウスの組織であることが判明」するはずがないです。

おわかりいただけますか?

565. J・ワトソン 2017年03月20日 14:37
ですから、私はこの「小腸と膵臓」は、小保方氏が作製した本物の0ct4-GFPマウス由来のテラトーマ組織であった可能性が相当高いと見ているのです。つまり桂調査委は、「本物」も、単に隠したのではなく、解析している可能性があるのです。
posted by Kose at 14:54| STAP

【学とみ子】和モガ説を紹介への感想氏大反論を軽くいなす学とみ子氏

和モガ説について、学とみ子氏が専門的に擁護したという事実はない。ntES細胞説は小保方氏に有利な材料だと指摘しただけである。

まず先行する和モガ説に言及したブログエントリーへの怒濤のコメント。なんで和モガ氏にコメントしないのか訳がわからない。

学とみこ様

和モガさんの書いていることは、以前から、専門家の目からは間違いだらけです。今回の129X1のミトコンドリアがB6である問題も、日本のSLCのものに限らず、データベース上のJackson Lab.由来(129Xのソース)の129X1マウスのゲノムデータを見ても、ミトコンドリアは同じようにB6型(正確には129型のSNPは見つからなかった)でした。つまり、FLSという細胞が特殊なのでなく、129X1という系統に由来する細胞が全てそうなのだと思います。また、捏造犯が仮に居たとしても、クローンマウスをここで使う理由はありません。どうしても問題をクローンマウスのような若山研特有のものに結びつけたい願望からでる妄想だと思います。
2017/3/19(日) 午前 7:04 [ kanso ]

そもそも、ゲノムデータからミトコンドリアがB6型と判断すること自体が困難だと思われます。ご自身でNGSデータを見れば分かります。系統特有のSNPが見つからないからです。専門家の@kasukawa氏が別のTweetで「おそらく GRCm38 でいうところの chrM:15123のSNPのことですね。これ期待していたのですが駄目で、Sanger の resequence データ見てみたら、129系では129S1だけしかSNPになっていなかったんですよね。」と遠藤氏と会話していますが、そのとおりだと思います。遠藤氏の見た別のデータでこのSNPが観察される例があったというだけで、本当に129X1のミトコンドリアがB6型といえるかも定かではないと思われます。少なくとも、論文発表できるレベルか疑問です。
2017/3/19(日) 午前 7:05 [ kanso ]

専門家同士(遠藤氏、@kasukawa氏)のTweetは、専門家同士の会話とはいえ、未発表のスペキュレーションが含まれています。これを都合良くつまみ食いするのは危険です。もとのデータに当たるか、参照した専門家に見解を問い直す必要があります。和モガさんは、以前から、このような断片的なものや、論文、週刊誌まで、科学的な信憑度の様々な情報を都合良く組み合わせ論を展開しています。また、専門家なら到底考えないようなおかしな推測を平気でしています。なんらかの科学的な結論に到達できるレベルの考察ではありません。まして、他人の疑義を指摘できるようなレベルには達していません。
2017/3/19(日) 午前 7:05 [ kanso ]

和モガさんの書いていることで、FLSに関して他にもおかしな例を挙げておきます。和モガさんは、調査時のFES2は、FLS3に本来のFES2を少し混入させ偽装したとしていますが、そのようにしても、和モガさんの言うようには、chr3/8の特徴的な染色体欠失が検出されなくなったりはしません。和モガ氏が、欠失のPCRによる検出原理を理解していないための誤解です。それから、FES2のゲノムのNGSデータを見ると、当該部分に欠失を持つリードは何十もあるなかに1つも見つかりません。これも、FLS3に混合して偽装したならまずありえないことです。つまり、和モガ氏のFES2の説明は2つの科学データに矛盾します。FES2偽装の説明ができなければ、和モガ氏の言うように、FES1の偽装も成り立ちません。要するに、FES1がFLS3を偽装したものであるというのは、既存のデータに矛盾するということです。
2017/3/19(日) 午前 7:06 [ kanso ]

他にも、細かい誤解や間違いをいくつも見つけています。和モガさんの言うことの間違いなど普通の専門家は指摘しませんから放置されていますが、この人の言うことがなんらかの解決に結びつくと考えていても、間違った方向に行くだけだと思いますよ。間違った科学的な議論は誰の助けにもなりません。本当に事件の解決を願っている方のようなので、老婆心ながらコメントいたしました。 削除
2017/3/19(日) 午前 7:06 [ kanso ]

今回のことで例を挙げるなら、和モガさんの科学情報に対するおかしな姿勢は以下のようにまとめられます:

・遠藤氏の、ミトコンドリアに129型のSNPが検出されなかったという見解は、採用している。
・一方で、遠藤氏の、それが系統の汚染によるとする見解は、採用していない。
・さらに、自身で生データを確認していない。

要するに、データを確認せず、それに対する専門家の見解を、自説に都合良く採用しているということです。この危険性は、お分かりかと思います。
2017/3/19(日) 午前 7:34 [ kanso ]

2014年7月2日
はぐれ研究職kasu ‏@kasukawa
fastqファイルをいじった可能性はほとんどないと思っているけど,データにつけられたラベル(サンプル情報)をいじっている可能性は否定しない
kanso さん
こういうのも忘れないで下さいね。
それと、若山さんはマウスの受け渡し記録が無い。
マウスの管理記録も無い。
若山さんが小保方さんに何渡したのか、証明出来ない。
というか、証拠を残さないようにしている。
動物愛護団体からも、クレームついてるし。 削除
2017/3/19(日) 午後 9:56 [ YK ]


学とみ子氏の回答を失礼ながら全文貼らせていただきます。見事な文章なので。
有力研究者を守りたい?研究界の沈黙に不満を持つ人々は、「あの日」を買います
2017/3/20(月) 午前 0:33 万能細胞 iPS ES STAP その他の病気
http://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/14851707.html

kanso様、コメントをありがとうございます。
大変、詳細で、ご示唆に富むご説明いただき、感謝します。
そのお礼をかねまして、こちらの記事蘭に書かせていただきます。

kanso様は、遺伝子解析のご専門家でいらして、以前、別のネット記事で、自費によるNGS解析をするための必要備品を解説されていました。遺伝子解析にお詳しい研究者の方ですね。

一方、和モガ氏は、実際に研究室で実験をされている方でなく、(推論では)、未解決事件の推理に大変な才能をお持ちの方とお見受けしています。過去に、STAP事件以外にも、いろいろな未解決事件の真犯人などを推理されています。
今回も、ご本人は、一つの推論をしめされているとおしゃっています。

そうした意味で、立場が違う賢者同志でご議論いただくと、第三者には、大変、参考になるものです。
学会で、演題発表後に活発な質疑応答があると、いろいろな問題点があぶりだされるのと同様です。聴衆にとっては、疑問点が明確になるので、大変ありがたいです。

学会発表や質疑応答の聴衆が、専門家同士の会話を聞いて、理解できないことがあります。
そうした意味で、専門的な議論は、所詮、聞く人自身の知識の中でしか、理解できません。
わからないことは、正しく理解できないです。
ですから、間違ったり、正しくないのに気づけないということはあるかと思います。

人が疑問を感じる場合には、知識を深め、その後の専門者間の議論を注意深くフォロウしたり、文献やネット検索していくしかありません。

kanso様の以下のアドバイス 青字
FLSという細胞が特殊なのでなく、129X1という系統に由来する細胞が全てそうなのだと思います。また、捏造犯が仮に居たとしても、クローンマウスをここで使う理由はありません。どうしても問題をクローンマウスのような若山研特有のものに結びつけたい願望からでる妄想だと思います。・・・・・・

遠藤氏の見た別のデータでこのSNPが観察される例があったというだけで、本当に129X1のミトコンドリアがB6型といえるかも定かではないと思われます。・・・・・


ねつ造犯がいたとしても、やむにやまれず行動だったのかもしれませんね。
たとえば、事故(気づかずして)でESが混じってしまったとすると、それを小保方氏のせいにしようと必死に細工したとかですが・・・・推論はいろいろにできます。
(犯人は)チューブを置いただけ位だっただけとか・・・・。

遠藤氏なども、STAP細胞にアクロシンが入っているとかは、かなり早くに知っていた可能性があります。ねつ造は許さないとした彼特有の正義感かもしれませんし、分子生物学会もねつ造の証拠データを持っていたかもしれません。
学者の立場では、ねつ造は絶対、許せないと思います。

kanso様 青字
和モガ氏の言うように、FES1の偽装も成り立ちません。要するに、FES1がFLS3を偽装したものであるというのは、既存のデータに矛盾するということです。

本当は、こうした研究者の考察や証言などが、もっと出てきて、“STAP細胞はES細胞と同じ細胞”現象がなぜ、生じたのか?がもっと議論されていいと思うのです。

そこで出てくる疑問は、若山研究室に検体提出させたことへの反省ではないでしょうか?
若山研究室のスタッフも、小保方氏同様に容疑者として扱うべきとなるのではないでしょうか?

しかし、マスコミは、ねつ造追求の興味本位に走り過ぎました。学者に踊らされました。そして後に引けなくなりましたね。そしてその後の追及報道をしなくなってしまったのです。

理研の調査委員会は、“STAP細胞はES細胞と同じ細胞“の証拠や原因をしめせなかったのですから、複数の推論や可能性を示すべきでした。
小保方ねつ造論だけを示唆するのは片手落ちでしょう。

調査委員会は、「STAP細胞とES細胞が同じ細胞であった理由は不明であり、小保方氏のみ疑うものではない」とした結論が必要だったと思います。

今からでも、理研が小保方氏に(小保方ねつ造説との世論を誘導したと)謝罪会見をしてくれたら良いのになと思います。小保方氏はこれで随分救われると思います。

後は、和モガ氏のような推理の得意な方や、kanso様のような研究者の方が、いろいろ解説してくれたら、それでこの問題は良い方向へ向かいます。

今回、一般の人々がねつ造論に反発したりしている理由は、調査委員会は証拠を示せない状態で、小保方ねつ造説の印象操作をした点と思います。
盗みの現場を見ずして、盗みをしただろうと疑うのは一般良識に反します。

桂調査委員会の裁定に対して、学者からの反論や解説がありません。
やはり、理研という国レベルの研究所が決めたことに、研究者たちが逆らうことができないのだろうと、一般人は思っています。だから、高度な知識を持っている人たちが、沈黙していると、人々は感じています。

有力研究者を守りたい?研究界の沈黙に不満を持つ人々は、「あの日」を買います。
又、BPO委員の一般人たちは、名誉棄損の裁定を下します。
皆、沈黙に不満なのです。

ところで、kanso様にお聞きしたいのですが、李博士とのご連絡をとられてもいましたね。
李博士は、小保方氏にどのような印象をお持ちなのでしょうか?検体が盗まれたと信じているのでしょうか?彼にとっては大切な検体だったと思うのですが、若山氏への不信感はどうなのでしょうか?
李博士には山梨大に行く話がでていたようですが、小保方氏も「あの日」に、若山教授に山梨大に誘われてと書かれています。採用についてライバル同士だったのでしょうか?

すみません、いろいろ、ぶしつけに伺っています。
よろしくお願いします。
今後も、いろいろご教授いただけるとありがたいです。
posted by Kose at 14:35| STAP

リサイクルショップのベース (訂正)

昨日、近所のリサイクルショップにふと立ち寄ったら、Legendのほぼ未使用にみえるプレベが8千円で売られていた。じゃっかん古い感じだったが。

衝動買いしそうになった。しかし、若干汚れがあったし、まてよ、Legendのベースなんて1万円じゃなかったっけ?と思い、止めた。帰宅して、調べたら新品1.2万円だった。買わないでよかった。

この間、ギターをオクターブ下げてベースっぽくしてみる実験をした。埋もれてしまえばそうきこえなくはないという程度だった。やはりテンションがないため、聞こえなくはないという域を出ないので、実用化しなかった。

Legendのベースを調べていたら、またもやバッカスだんだけれど、「コンパクト・ベース」が新品1.5〜1.7万円で売られているのを見つけた。スケールが短いが、ピッチが若干甘いとは書いてあったが、テンションはいいようだ。

ベースはでかい。大して使わないのにそんなでかいモノを置いておくのはナンセンスである。ピグノーズとかヘフナーなら許せる範囲かもしれないが。

バッカスのコンパクトベースにはイケベ楽器オリジナルでコンパクトベースのアクティブのものがあることがわかった。
*たぶんバッカス制のアレンジ。価格は税込み2万のようだ。

普通のギター、ベースはパッシブで単にピックアップの磁界で弦の振動が引き起こす電気しか、電力はない。
アクティブは、電池のプリアンプを内蔵していて、増幅する。エレアコのピエゾもアクティブ。

さて宅録だと、アンプは鳴らさないし、鳴らせばもうギターとは違って近所迷惑どころではない。パトカーが来る。

では、プリアンプなりDIなりエフェクターをかますことも考えれるが、もとが1.5〜1.7万円では費用対効果があまりに悪い。

そのため、そういうものがいらないであろうアクティブのコンパクト・ベースはいいかもしれない、と昨日考えた。
だからといって、ベースは大して弾かないことに変わりはないんだけれど。

う〜ん。

まだバンジョー買った方がいい気もする。弾ける見込みないけど。
posted by Kose at 08:37| My Music