2017年03月12日

【J.ワトソン】OOboe氏パートナー氏の告発への見解 追加

ワトソン氏の議論はおおざっぱに言って、1)論文の実験と2)光る精子の実験の二つがあり、2)はジャームライントランスミッションの実験のもので、それでアクロシン入りマウスを使用し、1)のマウスが2)のマウスと違うこと、それゆえ遺伝子解析の結果も違うと知っており、それ故、「ぼくのマウスじゃない」は、故意の虚偽だという解釈である。それゆえ、OOboe氏パートナーの告発の狙いは的をえていると評価している。

OOboe氏パートナーのお考えとはまた別かもしれないが。

ワトソン氏の本論はたいへん長い遺伝子解析の話で、「有志の会」の「科学的啓蒙」エントリーでご覧いただきたい。以下に非常に短い要約がある(青色)。

有志の会
http://blog.livedoor.jp/obokata_file-stap/archives/1062914167.html#comments

715. J・ワトソン 2017年03月12日 13:16
714. ソンビさん
>若山先生は「STAP幹細胞は自分の研究室にはいなかったマウスからできた細胞だった」と6月の記者会見で発表

これは、若山氏が「15番染色体にCAG-GFPがヘテロで入っているマウスからできた」と発表したことを言っているのでしょう。

>若山氏は、むしろ、Acr/CAG-GFPのSTAP実験を隠蔽する態度に取れますが?

若山氏としては、15番という「間違い」によって、自分がAcr-GFPについて全く意識していなかったフリをすると同時に、自分の研究室にはいなかったマウスだとして小保方氏によるマウスすり替えを示唆するという一石二鳥の作戦だったのでしょう。

それに対して小保方氏は、その後若山氏がAcr-GFPを「発見」するに至る経緯を知った上で、「あの日」において、「そんなこと言ったって、実際あの時『光る精子』の実験をやっていたんだから、最初からAcr-GFP入りだと分かっていたんじゃないですか?」という含みをもたせているのでしょう

716. J・ワトソン 2017年03月12日 13:26
>若山氏は、むしろ、Acr/CAG-GFPのSTAP実験を隠蔽する態度に取れますが?

若山氏は当然、Acr-GFPの実験のことは隠しているのですよ。多分小保方さんは知らないだろうとタカをくくっていたんでしょうね。

実際、小保方さんも当初はAcr-GFPについて何も知らなかった。でも、「光る精子」の実験の存在については知っていた。後で詳しい人に聞いて、Acr-GFPは「光る精子」の実験に使うものだと知って全てが判明した、それも「あの日」に書かれていますよ

717. J・ワトソン 2017年03月12日 15:41
ところで、15番と間違ったフリに関して、「598. J・ワトソン」に書いた実際の3番の構造に関する件ですが。

>この3番における共挿入の構造なんですが、若山氏の記者会見を見ても、感想さんその他のネット上の書き込みを見ても、CAG-GFP- CAG-GFP-CAG-GFP-あるいは、Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-のように、それぞれのプロモーターにそれぞれGFPがくっついているようなのです。

これについて、桂報告書の(f)テラトーマの解析のところに、PCRによって判明したGFPコピー数についての記載がありました。

>その結果、Acr-GFP を検出するプライマーでは、実験群の「CD45カルス-テラトーマ」と陽性対照群 STAP幹細胞 FLS4 から、それぞれ約 30 コピー、20 コピーのコピー数で検出された。

すなわち、FLSにおいてはAcr-GFPは20コピーだったのですから、「Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-のように、それぞれのプロモーターにそれぞれGFPがくっついている」ということです。したがって、実際の構造は下記のようになります。

3番染色体(ネイティブ)ーAcr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP-Acr-GFP(20回重複)ー20kb-20kb(3番断片の重複)ーCAG-GFP-CAG-GFP-CAG-GFP-CAG-GFP(4回重複)ー20kb(4番断片の逆位)ー3番染色体(ネイティブ)

ですから、CAG-GFPから未知の配列(若山氏は知らなかった???)を上流に向かって読んでいけば、「15番断片+GFP」が嫌という程繰り返された配列にぶち当たるわけで、これをネイティブな15番だと認識する愚かな研究者がいるはずがないのです。


718. J・ワトソン 2017年03月12日 15:49

ですから、「15番にCAG-GFP挿入」は明らかに「間違ったフリ」なんです。したがって、若山氏は確実に知っていたのです。FLSには、Acr-GFPの人工的挿入があるということを。絶対に、知っていたのです。

719. J・ワトソン 2017年03月12日 16:03

まあ、ですからね、この線で若山氏を威力業務妨害で告発するというのは、筋がいいと思いますよ。ただ、Ooboeさん、問題は、小保方さんの希望ですよね。その辺りは抜かりがないものと期待しておりますが・・


追加
720. J・ワトソン 2017年03月12日 19:57

放医研の行った解析法は、genomic walking法と言われるものではないかと推測しています。この方法によって、 CAG-GFPに隣接する未知の領域の配列を読み、その配列から何番の染色体に入っているのかを判断するということでしょう。かなりややこしいのですが、これが分かりやすいかも。

https://animal.nibiohn.go.jp/research/j_genotyping.html

「Genomic Walkingによる近傍配列の決定」の図を見ていただくとなんとなくわかるのではないでしょうか。制限酵素でゲノムDNAをバラバラにする。その中からCAG-GFPを含むDNA断片を持ってくる。制限酵素というのは、特有な配列のところで切断するものですから、切断部の配列はわかる。ただし、それではプライマーにするには短いので「アダプター配列」をくっつけるのかな?そして、アダプタープライマーとCAG-GFP内部のプライマーで未知の領域を含んだDNA断片を増幅し、その配列をシーケンサーで読む。

まあ、こんな感じでしょう。

721. J・ワトソン 2017年03月12日 20:19

「必ずnested PCRを行って2組4本のプライマーにより認識・増幅されるバンドを検出する」そうですよ。若山氏の記者会見でも、たしか、A・B・C・D なんて「2組4本のプライマーにより認識・増幅」していましたよね。

722. J・ワトソン 2017年03月12日 20:41

それから、ホモかヘテロかを判定するには、「近傍プライマーによるPCR」という実用的な方法があるそうです。「FISHを行うのはかなり手間がかかる」そうです。でしたか・・

723. ソンビ 2017年03月12日 21:17

>「間違ったフリ」

間違いか故意かの判定は一般論としては困難であると思いますが、本件では証明可能でしょうか。
「あの日(p.208)」に記載されている若山氏の光る精子の顕微授精の実験の写真があれば、Acr-GFPマウス実験の証拠になり得るでしょうか(写真によるとは思いますが)?

724. Ooboe 2017年03月13日 00:09

ワトソンさん、

科学面からの、6月16日の偽計真相究明を
期待していますね。
かなり科学的にも、偽計が見えてきつつ
ある感じが、ワトソンのお陰でいたします。
皆様で多方面から、知恵をいただける流れになりつつあります、
科学面は、厳密性が問われるので大変でしょうが、更なる考察を詰めて下さることを
楽しみにしています。

725. J・ワトソン 2017年03月13日 06:47

723. ソンビさん
>間違いか故意かの判定は一般論としては困難であると思いますが、本件では証明可能でしょうか。

可能だと思います。故意であるかどうかは、放医研・理研の解析法によって15番という誤認がありうるかどうかというところにかかっていると思いますが、実験方法からして、これをプロが誤認することはあり得ないと判断できると思います

>「あの日(p.208)」に記載されている若山氏の光る精子の顕微授精の実験の写真があれば、Acr-GFPマウス実験の証拠になり得るでしょうか(写真によるとは思いますが)?

写真も一つの根拠になるでしょうが、若山研でのマウスの使用履歴、購入した試薬等の履歴からも証明することはできるのではないでしょうか。若山氏自身の実験ノート、さらには実験に関わったスタッフのノートもあるでしょうし、関係者全員にそんな実験はなかったと証言させることは難しいでしょう。

726. J・ワトソン 2017年03月13日 06:54
724. Ooboeさん

ご評価いただきまして、大変ありがたく思います。しかし、私も所詮は素人です。相当な間違いもやらかしてきました。わかり次第修正はしているのですが、まだまだ気づいていない誤りを含んでいる可能性もあります。皆様のご批判をお待ちしております。

727. J・ワトソン 2017年03月13日 07:25
>科学面からの、6月16日の偽計真相究明

私はこれまで桂調査委、石井調査委の結果にずいぶんこだわって議論してきましたが、実は最も重要だったのは、若山氏の記者会見およびあの訂正文書だったのです。科学的にあまりに内容がスカスカであるように見え、しかもその内容がよくわからないためにスルーしてしまいました。

しかし、桂調査委の解析は、あくまで若山氏の解析に基づいてなされた結果に過ぎなかった。思えば、在米ポスドク君が盛んにそう言っていましたよ。あの頃はわかりませんでした。実は本当のことだったんですね。桂報告書が本丸だと勘違いしていたのです。

やっと気づきました。L さんのおかげです。ありがとう!L さん!

いずれにせよ、この若山氏の解析結果こそ、捏造派のアキレス腱です。ここを集中攻撃することは戦略的に極めて正しいと思います。小保方さんがOKならば、偽計業務妨害での告発、よろしいのではないでしょうか。


参考
小保方晴子『あの日』の中の「光る精子のマウス」に関する記述。ワトソン氏の長い話を読んでやっとわかった。この点を(わかる人には)はっきりと小保方氏が記述しているところから見て、小保方氏の「希望」にかなっていると思われるのだが。
*ジャームライントランスミッションの実験でマウスの混乱があったことを記した上で・・・
また、ジャームライントランスミッションを観察する実験の際には、マウスが自然交配するのに要する時間を節約するために、若山先生は幹細胞化した細胞から出来たキメラマウスから「光る精子」を顕微鏡下で採取し、顕微授精させる実験を行っていた。
・・・・・
そして、これらの実験に使われていたES細胞は若山研で飼育されていた、アクロシンGFPマウスという特殊なマウスから作成されたものであったことも調査結果として発表された。アクロシンGFPマウスは、通常のGFPマウスでは観察されない「光る精子」を盛っているという特徴があるそうだ。STAP幹細胞から出来たキメラマウスのジャームライントランスミッションの実験の際、「光る精子」を自身で採取し実験を行っていたにもかかわらず、若山先生は「STAP幹細胞は自分の研究室にはいなかったマウスから出来た細胞だった」と6月の記者会見で発表し、まるで私がマウスや細胞をすり替えたかのような推論を社会に植え付けた。
 6月の終りの検証実験参加の打ち合わせの帰り道に、STAP幹細胞が間違いなく若山研にいたマウスに由来しており、そのマウスがアクロシンGFPマウスであることがわかったと私は連絡を受けた。連絡をくださった方に「アクロシンGFPマウスはどんなマウスなんですか?」と伺うと、「精子がGFPで光るという性質を持っている」と教えてくれた。私は若山先生が光る精子を顕微授精する実験を行っていたことを思い出し、そのときの実験の写真も残っていることも思い出した。「若山先生は光る精子で実験をしていました」と告げると、「確信犯」と言葉が返ってきた。
posted by Kose at 18:53| STAP