2017年02月28日

【婦人公論】3/14号 小保方晴子日記4 2015/1/11〜24

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(以下縮小してあるので読めないよ)
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今日発売、全3p。なんと1月19日に気まぐれ先生と神戸で食事をしたさい、研究のオファーがすでに来ていたことが明らかにされている。体調はそれどころではなかったのだが・・・

次号(3月14日?)は2017年1月〜の現在の日記となるそうだ。
posted by Kose at 11:47| STAP

【和モガ】「ES、TSキメラと異なる特徴のSTAP細胞のキメラは出来ていた」ツイートのみ




ブログの投稿はない。

ぼくは、和モガ氏の主張は、もっとも具体的な説であるため、支持しているよ。証明されなくても、科学研究の真理についてぼくが口を挟める立場にないから、基本的にウソはないという立場だ。別にぼくがSTAP細胞が真正であると言う固い信念を抱いているわけではない。そんな素養がないからだ。

今後、やはり若山氏変心問題を説得的に解明していただけると、支持者ははるかに増えると思う。



posted by Kose at 10:15| STAP

2017年02月27日

生殖医療分野でSTAP細胞に言及した日本人研究者の論文(調査不十分)

有志の会ブログで報告があった論文。詳細不明。STAP細胞とは関係はない。そもそも多能性のある不妊女性の卵子の多能性の改善をATPでうながすというような研究で、ATP処理が多能性発現に寄与するというSTAP細胞のコンセプトとは違うので、話題にしていいのかよくわからない。

そのうえ、二名の研究者の情報が乏しい。大学等の所属や関係がわからない。「Reproductive Medecine Institute Japan」(強いて言えば「日本生殖医療研究所」)は調べられなかったが、次の同著者の別論文があった。その記載ではシカゴに本部のある「Repuroductive Medincine Institute」の独立した日本支部のような感じに思える。

同著者の別論文(連絡先あり)
Springerplus. 2016; 5: 53. Published online 2016 Jan 20. doi: 10.1186/s40064-016-1706-7
PMCID: PMC4720619
Serum α-klotho concentrations during preimplantation can predict aging or quality of human oocytes and clinical pregnancy rates
Takashi Takemura corresponding author and Midori Okabe
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4720619/
-------------------------------
Acknowledgements
We are very grateful to physicians and embryologists (data collection) at Reproductive Medicine Institute in Japan and USA. The present work was self-funding.

----------------------------------
Reproductive Medicine Institute
http://www.reproductivemedicineinstitute.com/
生殖医療の研究所のようである。所在地はシカゴに限られる。

The reactivation of reprogramming factors within human blastocysts by using ATP contribute to human blastocyst development
Takashi Takemura, Midori Okabe
doi: https://doi.org/10.1101/111708
http://biorxiv.org/content/early/2017/02/25/111708.article-info

Google翻訳バージョン
アブストラクト

世界中の科学者は、刺激誘発性獲得多能性(STAP)細胞および/またはSTAP現象のを再現することができなかった。しかし、日本の理研CDBによるSTAP細胞および/またはSTAP現象の研究により、ATPはマウス肝細胞におけるOct3 / 4(POU5F1:POUドメイン、クラス5、転写因子1)およびNanog mRNA発現を増加させることとができた。他方、ATPがヒト胚盤胞発生に寄与し得るかどうかの研究はなされていない。ここでは、適切なATP処理(1mMで2日間)によるヒト胚盤葉内のリプログラミング因子の再活性化が、ヒト胚盤胞発生に寄与し得ることを示す。結論として、ATP処理は世界中の科学者によってSTAP細胞および/またはSTAP現象を再現することができなかったが、全能性を有する培養ヒト胚盤葉における適切なATP処理(2mMに対して1mM)は、不妊女性にとって有益であろう。

引用文献
1. Niwa H. Investigation of the cellular reprogramming phenomenon referred to as
stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP). Sci. Rep. 2016; 6,
doi:10.1038/srep28003.
・・・・・
9. Obokata H, Wakayama T, Sasai Y , et al. Stimulus-triggered fate conversion of
somatic cells into pluripotency. Nature. 2014; 505: 641-647.
10. Obokata H, Sasai Y , Niwa H, et al. Bidirectional developmental potential in
reprogrammed cells with acquired pluripotency. Nature. 2014; 505: 676-680.
11. De Los Angeles A, Ferrari F, Fujiwara Y, et al. Failure to replicate the STAP cell
phenomenon. Nature. 2015; 525: 6-9.
・・・・・
posted by Kose at 13:50| STAP

Kindle for PC、突然読み上げ

「有志の会」のやりとりを確かめるため久しぶりに『あの日』の「光る精子」の部分を読もうと思い開いた。
そうしたら、いきなり文章を読み上げ始めてびっくりした。

残念なことに山根基世ではなかった。

たぶん単純にWindowsの読み上げ機能を組み込んだだけだろう。精度は悪い。

小保方さん=しょうほほうさん

である。洋書はどう読むのか確認したら、ベタな日本語英語読みであった。

linguistic=リングイスチック

流ちょうな英語よりは聞き取りやすいのでいいのかもしれないが

token=トケン
or=オーアール

と言うレベルである。

実用レベルとは言いがたい。人工知能、えばるなら直ちになんとかして欲しい。アンドロイド版には機能がない。iOSは知らない

2月初め更新されたらしい
Amazon、読み上げ機能に対応した「Kindle for PC」「Kindle for Mac」最新版を公開
日本語の書籍は公式には非対応だが、利用できるものも存在
樽井 秀人2017年2月2日 17:01
窓の杜
http://forest.watch.impress.co.jp/docs/news/1042242.html
「Kindle for PC」v1.19.2読み上げ機能に対応
 米Amazon.com Inc.は、デスクトップ向け電子書籍ソフト「Kindle for PC」v1.19.2および「Kindle for Mac」v1.19.1を公開した。今回のアップデートでは検索機能とパフォーマンスの改善が図られたほか、対応コンテンツで読み上げ機能が利用できるようになった。
 「Kindle for PC」の場合、[ツール]−[読み上げ機能を開始]メニューから読み上げ機能を利用することが可能。また、[Ctrl]+[T]キーで読み上げ機能のON/OFFを切り替えることもできる。同社のヘルプページによると、日本語の書籍は読み上げ機能に対応していないとのことだが、編集部でWindows 10にて確認したところ、利用できる書籍も存在するようだ。
 「Kindle for PC」はWindows 7/8/8.1/10に対応するフリーソフトで、現在同社のヘルプページから無償でダウンロード可能。「Kindle for Mac」はOS X 10.9.5以降に対応しており、同じく同社のヘルプページからダウンロードできる


YouTubeの字幕機能はいいと思うよ。とても聞き取れないインタビューがわかる。グッジョブだ。全部ついているわけじゃないけど。
posted by Kose at 12:00| 日記

2017年02月26日

ダイアー・ストレイツ「ブラザーズ・イン・アームズ」イントロのシンセサウンドを再現してみる



パートは
1)高音のフラットなシンセコード
2)低音はなんかフラットなシンセサウンド
3)フルートないしそれっぽいっ中音
4)雷の効果音
だけ。
1はなにかもっと複雑に聞こえたが、海外でコピーしているのをいくつか見たところ、ごく普通のシンセサイザーで再現している。そこで単にPCM音源の標準のストリングスでほぼ十分であるように思えた。
特殊なのは、コードがC#m9のC#以外の音で、EbとEがb9になり、うねって聞こえるところがポイント(アルペジエーターみたいにも聞こえる)。そうじゃなくて自然な不協和音。
2はまあどこにでもある音だから、何でもいいんだけど標準のシンセストリング。上の不協和音と音の構成が同じだ。

なんかたくさんシンセ試したけど、不必要だった。がっくり。

ちゃんとカウントを取っていない。そのうち全体をやるかもしれない。
posted by Kose at 11:48| My Music

2017年02月25日

ソンビ氏による若山氏変心問題解決の推理(有志の会)

今、有志の会ブログが熱い。
ワトソン氏については紹介したが、ソンビ氏、Ooboe氏も同時に活躍している。
今回の部分は、和モガ氏の泣き所若山氏変心問題理由の薄弱さを補うレベルのものだと思う。
和モガ氏が若山氏の研究の完全さを主張すればするだけ、彼の変心の根拠が失われるというジレンマをもっている。

「ぼくのマウスじゃない」というのは、そう思ったと言うにとどまらず、研究全体を否定する決意を抱いて解析するまで行動したというもっと積極的なものである。(しかも後知恵で間違いとわかった。)

和モガ氏にはこの点について説明すべきことがたくさんあるように思われる。

まあ彼の軽率で薄弱な性格の所為とか、教唆や圧力という人的問題を想定した方が簡単なんだが、彼の性格が本当はどんなのだかよく知らないし、後者は陰謀説じみているので良い説明とは言いがたい。

それに性格攻撃は、片田珠美とか、直接診察をしたわけでもないのに精神病だと診断しちゃう異常性格精神科医師とかわりがないので、これも取り下げる。

ソンビ氏の主張は若山研によるテラトーマの粉飾という画像の使い回しどころではない不正の存在の指摘である。あまりよくわからないが、小保方氏は組織工学の技術でテラトーマを作り、たぶんそれが使い回されたと言うことだと思うのだが、では使い回しでないテラトーマ画像はいったいどうなのだと言うことについてはあやふやな話しか聞いたことがない。なんか鮮明な画像がないから使い回ししたというような説明は存在する。
それについてもっと切り込んだ分析である。

小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会
http://blog.livedoor.jp/obokata_file-stap/archives/1064271577.html#comments
214. ソンビ 2017年02月25日 14:34
144. ソンビ

>Nature掲載のテラトーマ図について
>Natureの掲載図は立派なテラトーマですから、桂委員会報告のFES1かFLSが移植されたのでは?若山研でのテラトーマ作製は小保方さん?

桂報告書、Nature論文、「あの日」を再度チェックして、下記の推論を得ましたので書いておきます。

●桂報告書に「テラトーマ( 小腸上皮 Fig.2e右、膵臓 ExtDataFig.4c)はGFP陰性であり、テラトーマに由来するものでなくホストマウスの組織であることが判明した」とあります。従って「立派なテラトーマ」は思い違いで、ホストマウス組織であると納得します。

●「あの日」(p.206)には「STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンプルもなくなっていた。・・・第二次調査委員会によって実際に解析された・・・テラトーマに関しては、私がアメリカ出張の間にできたサンプルだった。」と記載されています。

●つまり、Natureのテラトーマ図=ホストマウス組織は小保方さんがアメリカ出張中に若山研スタッフ(若山氏)がホストマウス組織を切り取って作製したものであると推察できます。さらに、桂委員会解析によるFES1(FLSも可能?)移植によるテラトーマ作製も、小保方さんではなく若山研スタッフではとの疑念が補強されます。

215. ソンビ 2017年02月25日 16:55
>214. ソンビ

>桂報告書に「テラトーマ( 小腸上皮 Fig.2e右、膵臓 ExtDataFig.4c)はGFP陰性であり、テラトーマに由来するものでなくホストマウスの組織であることが判明した」

「マウスの組織を切り出してテラトーマ図を捏造した」行為は、小保方さんの博士論文図使用に比較して、圧倒的に悪質です。
コメント214に記載した通り、この捏造犯は小保方さんではなく若山研スタッフであれば、博士論文図使用が公になった時点で、若山氏が突然STAP細胞否定の方向へと舵を切ったことと深い繋がりがあるのではとの疑念に慄然とします


216. Ooboe 2017年02月25日 17:58
ソンビさん

その可能性の推理について

佐藤著書「Stap 細胞事件の真相」
54ページから、第四章「過剰な期待」

このような図が欲しい

Stap 研究を若山氏が本格的に取り組み始めてた、2011年10中旬

若山研では、メンバー総出で若山実験計画の指示のもと、取り組み始めてていますが

佐藤氏が記述されている通り
若山氏が「論文に使える、綺麗なデータを」
要求していた実体からして、
テラトーマについても、
無理な資料を、要求された可能性、は
考え得るように思います。

佐藤先生は、当時の若山研での実験は、
論文想定結果に合うデータのみ求める
不正行為が実体では、と考察していますね、

217. Ooboe 2017年02月25日 18:41
若山氏の突然の
豹変動機を私とパートナーも、資料考察を
続けていますが

この実験データ取り扱い不正行為実体発覚が
避けられないと見極めた、ことによるのが
主な要因と思っています。

しかし、それは、綺麗なデータにしたいがための不適切不正行為で、
実験そのものは、捏造ではなかったと
思います。

生物系実験は、物理、化学系のような、
データが得られにくい、複雑系ですから
ネイチャ一などは、雑誌なので、
一般読者受けにも、綺麗な画像や、データ
が求められているのが実情みたいです、

若山氏は、そういう雑誌の実情に合わせ
これぐらいなら、ま、いいっか て具合

だったと思われます、
とにかく、見栄えのいい論文にしたかったのが本音で実験そのものを捏造する意図は
なかったと、私達は、考察しています、。

ソンビさんご指摘のことが事実なら
それについては、実験捏造になりますね。


追加
219. ソンビ 2017年02月25日 19:44
217. Ooboeさん

桂調査報告書には
●「STAP細胞からのテラトーマ作製は小保方氏のみ」
●「テラトーマ画像はFES1であることが判明した。」
●「分化組織の形態をとるテラトーマ由来の組織と報告されたものはホスト由来の組織であった。」
とあり、
●FES1からの(捏造)テラトーマのスライドグラス試料には「Haruko」とあるので小保方さんの管理だと思います。

しかし、テラトーマのスライドグラス試料の中身はFES1(捏造)テラトーマであり、STAP細胞テラトーマではないので、小保方さんの作製とはいえません。「あの日」の「第二次調査委員会によって実際に解析された・・・テラトーマに関しては、私がアメリカ出張の間にできたサンプルだった。」と符合します。
桂報告書の微妙な表現「STAP細胞からのテラトーマを作製した際は、全ての過程を小保方氏が行ったことになる。」は。「私がアメリカ出張の間にできたサンプルだった。」を含まないと思われますが、気になるところです。
220. Ooboe 2017年02月25日 20:11
桂調査
「テラトーマ実験は、全て小保方氏が
行った」

あの日
「出張中に出来てきた」

小保方さんのこの記述は、桂調査への
遠回しの否定で、
やむなく、指示に
従わねばならなかった方を気遣ったような
表現にも、思えますね

posted by Kose at 20:13| STAP

2017年02月23日

フリーVSTi Synth1実用化に成功

ちょっと睡眠が悪くて、だらだら過ごしていた。何の気力がなくてもできるフリーVSTインストルメントのインストールというしょうもないことをしていた。

通常がは簡単だ。
1)VSTiで検索
2)ダウンロードしてZIPファイルを解凍(実行ファイルでインストールの場合もあるが、VSTインストールフォルダーは適宜変更)
3)以上。DAWソフトが勝手に検索して登録してくれる
オルガンでは通常使っているARZ3と同等のものがあったので楽しみである。しょうもないものや動かない場合もあった。すぐに動かなかったが、次の二つが魅力的だったので多少気力を使った。

A)Cymbalistic
ドラムセットはだいたい使えるものがDAWに付属しているはずだが、「クラッシュシンバル」だけがしょぼい。CymbalisticというVSTiがあって期待したのだが(マリンバ音源とおなじアイオワ大学)、なんだかマルチチャンネルのやり方がわからず、今のところハイハットしかならない。今後やる気のないときの課題としたい。

B)Synth1
普通のシンセっぽい
synth1.png
超有名定番シンセサイザー(YAMAHAのシンセサイザーのエミュレーターらしい)Synth1というモノの使い方がわからないので、今朝なんとかした。付属の英語文書を読んでもわからなかった。なんとかiniを編集しろとか書いてあるが該当するモノがない。そこで次のサイトを参照した。

takeolog: 【フリーVST】Synth1のインストールと、外部パッチの入れ方
http://takeokkc.blogspot.jp/2014/03/synth1flstudio89-synth1-banks-9006.html

1)initsettings.exeという実行ファイルを実行してSynth1のインストール先を設定する
2)Snth1を立ち上げ、左下の欄をクリックするとプリセットが表示される。デフォルトはマルチティンバー+αで128音色。
 よくあるように左上バーの「プリセット」ではない。これで悩んだ。
3)9000以上のプリセットのパッチ配布サイトVST CAFEがあるのでダウンロードする。
4)解凍するとパッチ・ファイル自体まだZIPファイルのままである。
5)それを解凍すると、パッチを複数含むたくさんのフォルダーが作られる。
6)5の各フォルダーを個別にZIPファイルにする。ALZIPというソフトだと一発で個別にZIP化できるようだ。まあ一つずつやっても気が遠くなるほどではない。
7)6をVSTフォルダーのSynth1フォルダーにコピペ。
8)DAWでSynth1を開き左下の欄をクリック。External(.zip)に7でた莫大なパッチファイルの音色が表示される。
9)VST CAFEほどではないが、他にも莫大なパッチを配布しているサイトが多くあるらしいが、当面、9000のプリセットを試聴するだけで春になりそうな気がする。次のサイトで紹介されているがまたの機会に。

synth1 プリセットまとめ【約10000種類!!】
http://effect4week.hatenablog.jp/entry/synth1_preset
9006種!!
そんなに試せないっしょ・・・(嬉しいけどね)。
8749 Synth1 Patches !!! | VST Cafe
http://www.vstcafe.com/2010/04/8749-synth1-patches.html

670種類
リンク先にサンプル音源有。
Synth1 Presets MegaPack Vol.1 | VST Cafe
http://www.vstcafe.com/2009/04/synth1-presets-megapack-vol1-vst.html

128種
個人サイトかな。
Synth1 presets : Chris Bank volume 2 | Blogosaur
http://blog.wavosaur.com/synth1-presets-chris-bank-volume-2/

127種類??
see moreのリンク先からDL可能。
ダフトパンクのような音源がそろってます。
https://soundcloud.com/art-institute-1/synth1-art-institute-bank

種類数不明
やたらめったら上がってます。
KVR: Downloads, Banks and Patches
http://www.kvraudio.com/product/synth1-by-ichiro-toda/downloads

やれやれ
posted by Kose at 13:04| My Music

【和モガ】「STAP細胞事件」-STAP幹細胞はどうやって作ったか




若山照彦氏本人と見られる掲示板へのコメント!を和モガ氏が探し出し、小保方晴子氏の手記の初期のキメラ樹立の記述と対照させSTAP幹細胞の二系統の樹立の方法を提示している。
手記の中で、塊で古い手法で細胞杯に入れる方法は、専門的な議論をしている人たちの念頭にある

STAP細胞→STAP「幹」細胞→キメラマウス

という実験計画と合わない。
小保方氏の手記や、小保方学位論文の断片からみて、二人に「幹細胞」をSTAP細胞(当時はスフェア細胞)とは別に樹立するという考えそれ自体がなかったと読書感想文的には思える。

和モガ氏の仮説は

スフェア細胞→キメラマウス→キメラ胚→幹細胞

という時代があったということである。そもそもハーバード=小保方論文は幹細胞樹立など計画していなかった。

ワトソン氏のキメラが先樹立の細胞は破棄された(あるいは隠された)のではないか、という主張とも一致する。

以下が和モガ氏が、引用した若山照彦氏と思われるコメントである。こういうのを探し出す和モガ氏はすごい。そしてそれが手記と符合するのはもっとすごい。

SpermEgg Journal Club
http://www.domoarigato.info/spermegg/Message.cfm?threadid=1030
No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
べさま コメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。


posted by Kose at 07:47| STAP

2017年02月22日

STAP関連リンク追加

9月頃荒れていた「有志の会」ブログのリンクを再度追加しました。
現在は、荒し行為が極めた少なくなったほか、一研究者一教育者ブログから移動してきた有力な方の投稿が増え、見違えるような状況です。
ワトソン氏の論考はすでにコピペで紹介しましたし。

小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会
http://blog.livedoor.jp/obokata_file-stap

学とみ子氏のブログについては活発になったと紹介しましたが、その後たゆまず投稿をお続けになっているので、リンクしました。

学とみ子のブログ
http://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069

学とみ子氏が言及している、朝日新聞傍系に特有のしょぼい記事、WEBRONZAとアエラや週刊新潮のコラムはぼくはまったく読んでいません。
朝日新聞本紙は他メディアと同様のスタンスであるため、WEBRONZA担当編集委員高橋真梨子の独断的な行動だと思います。こいつの動向については「有志の会」に独立のエントリーがあるほどです。

一連の報道で、女性の中年科学研究者、記者が小保方バッシングに特有の役割を果たしているのはあからさまなのですが、それを彼女らは、「なぜ小保方氏は中年男性にもてるのか」という問いにすり替えて論じることがあると思います。あなたたち以外はあなたたちの憎悪感上をもつことができないと言うだけだと思うんだけれど。

何ら彼女に感情はありません。研究が見かけの不正により失敗であったら、騒がずとも消えるべきものを何であんたたちは大騒ぎにしたのか理解できないというだけです。

おそらく自ら中道リベラル・女性エリートが経験しているガラスの天井説(自分が天賦の才に恵まれなかったことを完全に無視してそう思う)と第二次安倍政権のリケジョブームの寵児として現れた小保方氏に「猛烈なルサンチマン」が共有されたんでしょ。

一応教育を受けた一般の老若男女は、エリート全般にルサンチマンはもつかもしれませんが、小保方氏が陥った特殊な立場は理解できないと言うだけの話です。

学とみ子氏は、この女性問題についてもっとも詳しく適切に書いており、他のブロガーにない視点をもっていると思います。
posted by Kose at 07:48| STAP

2017年02月18日

買い物 弦と高校数学の本 おまけテレキャスができるまで

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テレキャスの弦高を、不用意に弦張りっぱなしで調整していたら、1弦が切れてしまった。ぎゃふん。

弦は3つセットを買ったが、それでも送料が無料にならないので、懸案の「高校数学」の本を注文した。これはAIプログラミングのため。AIプログラミングまでにはまだまだほど遠い。

おまけ

フェンダー社は南カリフォルニアのラジオ音響修理会社で、全然楽器制作の経験がなかった。
最初に作ったのは1943年?のラップ・スチールであった。
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1944〜48年のモデルが成功する。
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このモデルのピックアップがそのままテレキャスのピックアップのプロトタイプとなる。ピックアップにカバーを付けるというスタイルはたぶんこのスチールギターから継承されたものだろう。
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1949年、エスクワイアーと言う名で、世界史上初めてソリッドボディーのエレキギターを製作した。
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ヘッドがラップ・スチール時代と同じである。フロントピックアップもない。最初のモデルはパイン(松)だったらしい。
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テレキャスのブリッジもこの時点で完成していた。恐るべし!!!
いずれにせよ、なんか良い楽器を作ろうなんて高い志はなかったようにみえる。
この後ブロードキャスターと言う名で現行モデルのテレキャスターをだした。
posted by Kose at 18:20| 日記