2017年01月15日

謎!エピローグ終り 悲報!gnome-session-flashbackをインストールすると日本語入力ができない

そういうわけで、GNOMEクラシックは使えない。重いし不便だが、Ubuntu-Unityで今後、anacondaインストールに取り組む。謎シリーズは終りだ。Anacondaが成功するまで、しばらくおさらばだ。

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普段外出しないため、土日のひどい寒さをおして、池袋に出かける気にはならなかった。
まだ問題はあって、YAMAHA Pacificaはあんまり店頭に置いていない模様である。お茶の水を旅すればいくらでもあるだろうけれどね。そのため、ネット購入のかなと、また煩悶する。
昨年は、アリアのマカフェリギターと、モーリスのアコギはネットで買った。両方とも非常によい状態であった。アリアのは配達が夜10時とか信じがたい時間帯で参ったが。それはアマゾンが出品店舗から配送させたのでそういうことになったのだと思う。

急にUbuntuブームになったため、ギター欲求はしぼみつつある。いずれ買わないと、どのギターも何かしらぼろぼろなんだ。

ひとついいことを思いついた。Godin(エレガットで有名)の廃版のエレキギターというのを特売で買った。本来は高いものだった。カナダ=アメリカ製だから。格好が悪いんで在庫処分価格だった。最近はハンダごて握っていないが、YAMAHAのギターの音と比べて場合によっては、Godinのピックアップを外して付けるという手があるとかふと思いついた。なんだかオタクだな。

gnome-session-flashbackの件は、このブログで2014年4月30日に書いた。体調が悪い過ぎるため次の週から母がデイサービスを止めて在宅介護になると書いてあった。どおりでSTAP細胞事件について途中までは記憶があるんだが、ぷつっと何にも思い出せなくなっているのを不思議に思った。NHKスペシャルも見てないしね。その頃は慣れるのに本当にたいへんだったんだ。




posted by Kose at 19:46| 日記

関東労災病院泌尿器科グループ、膀胱組織電気切除で、初のSTAP様現象をテスト(再現にあらず)

国内の研究者によるおそらく初めてのSTAP様現象のテストを行った論文。それだけで記念碑的価値がある。序文の書き出しは、相澤論文へのオースティン・スミス博士の見解を彷彿とさせ、「小保方」晴子氏の名前を論文に掲載した。これだけでも国内のムードの変化として評価することもできる。
ネイチャー論文の引用はされていないが、ネイチャーの再現実験論集が参考文献に掲げられている。これはイレ―ヌ・デ・ラザロ博士と重なる。
膀胱組織の電気切除という手術の副産物のように思えるが概念的にはSTAP現象であり、iMuSCs細胞や先日の脳神経細胞へのダメージという兵庫大の研究などと類似の生体内幹細胞のタイプに入ると言える。結論としては「間葉性間質細胞は、多能性幹細胞ではなく、主に膀胱組織修復に関与している可能性がある」にとどめている。組織修復にOCT4が関係するという系列のタイプであるかもしれない。これらの境界そのものが、科学の関心の対象になるかもしれない。

あえて小保方さんの名前を冒頭に掲載し、このテーマを扱う研究の発表を行った関東労災病院泌尿器科グループの先生方に大いに敬意を表したい。

翻訳はGoogle翻訳に少し手を加えたものにすぎないので、原文をご覧いただきたい。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4929889/
J Stem Cells Regen Med. 2016; 12(1): 10–15.
Published online 2016 May 30.
PMCID: PMC4929889

Oct4B、CD90およびCD73は、膀胱の電気切除後に膀胱組織において増加する
竹内匠 1、戸岡明子 2、奥野由美子 1、服部加藤麻美 1、三上浩二 1
著者情報
1.川崎市中原区木月住吉町関東労災病院泌尿器科
2.川崎市中原区木月住吉町関東労災病院病理学科。

アブストラクト
目的:我々は、膀胱組織の電気切除による刺激が組織修復プロセスにおいて幹細胞を誘導するという仮説を試験した。材料および方法:膀胱腫瘍および周囲組織(TUR-Bt)の一次経尿道的切除後、第2のTUR-Btを行った。第2のTUR-Btで切除した組織は、多能性のマーカーであるOct4、および膀胱腫瘍細胞が残っていない間葉系間質細胞のマーカーであるCD90およびCD73について、免疫組織化学的に染色された。結果および結論:Oct4Bタンパク質は間質細胞の細胞質において8例中4例で散発的に染色された。 CD90およびCD73は、間質および血管内皮細胞においてCD45発現なしで増加する。間葉性間質細胞は、多能性幹細胞ではなく、主に膀胱組織修復に関与している可能性がある。

キーワード:Oct4B、CD90、CD73、電気、刺激、膀胱
移動先:

序文
小保方らは2014年に、刺激誘発性多能性賦活(STAP)と呼ばれる酸処理による細胞再プログラミング現象を報告した。残念なことに、彼らの記事は研究不正のため撤回され、STAP細胞現象の他のグループによる再現の試みは失敗した[1]。それにもかかわらず、強い環境刺激が分化した体細胞をより分化していないものに再プログラムすることができるという考えは、依然として追求する価値がある。

POUファミリーの転写因子Oct4(八量体結合転写因子4)は、多能性の必須調節因子であり、核再プログラミングにおいて中心的な意義を有する[2]。これは、誘導された多能性幹細胞を生成する4つの再プログラミング山中因子の1つである[3]。間葉間質細胞(MSC)は、骨髄および結合組織に存在する非造血間質細胞のまれな集団である。骨、軟骨、筋肉、脂肪組織などの間葉系の組織に分化する可能性があるため、組織の修復に重要である可能性がある[4]。 CD90(胸腺細胞抗原1)およびCD73(外来5'-ヌクレオチダーゼ)は、MSCの代理陽性マーカーであるが、MSCはCD45(白血球共通抗原)発現を欠く[5,6]。

膀胱内腫瘍の経尿道電気切除(TUR-Bt)は、膀胱癌の治療の第一歩である。膀胱腫瘍の内視鏡的切除の完全性を確認するために、先の切除部位における膀胱組織の二次切除が数ヶ月以内に行われる。切除された標本に腫瘍が残っていない場合、膀胱はしばしばその場で保存される。患者では、一次電気切除後の膀胱組織は組織修復を受ける。本発明者らは、STAP現象は、再生中の膀胱組織における電気切除の刺激によって導入され得、Oct4、CD90、およびCD73などの様々なレベルの幹細胞マーカーが、二次電気穿孔によって切除された膀胱組織に現れると仮定した。


Materials and Methods
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Results
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Discussion
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References
1. De Los Angeles A, Ferrari F, Fujiwara Y, Mathieu R, Lee S, Lee S, Tu HC, Ross S, Chou S, Nguyen M, Wu Z, Theunissen TW, Powell BE, Imsoonthornruksa S, Chen J, Borkent M, Krupalnik V, Lujan E, Wernig M, Hanna JH, Hochedlinger K, Pei D, Jaenisch R, Deng H, Orkin SH, Park PJ, Daley GQ. Failure to replicate the STAP cell phenomenon. Nature. 2015. 525(7570): E6-9. [PubMed]
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J Stem Cells Regen Med. 2016; 12(1): 10–15.
Published online 2016 May 30.
PMCID: PMC4929889
Oct4B, CD90, and CD73 are upregulated in bladder tissue following electro-resection of the bladder
Takumi Takeuchi,1 Akiko Tonooka,2 Yumiko Okuno,1 Mami Hattori-Kato,1 and Koji Mikami1
1.Department of Urology, Kanto Rosai Hospital, Kizukisumiyoshi-cho, Nakahara-ku, Kawasaki, Japan
2.Department of Pathology, Kanto Rosai Hospital, Kizukisumiyoshi-cho, Nakahara-ku, Kawasaki, Japan.

Abstract
Aim: We tested the hypothesis that stimulation by electro-resection of bladder tissue induces stem cells in the tissue repair process. Materials & Methods: After primary transurethral resection of a bladder tumor and surrounding tissue (TUR-Bt), second TUR-Bt was performed. Tissues excised by second TUR-Bt were immunohistochemically stained for Oct4, a marker of pluripotency, and for CD90 and CD73, markers of mesenchymal stromal cells, when no bladder tumor cells remained. Results and Conclusions: Oct4B protein was sporadically stained in the cytoplasm of interstitial cells in four out of eight cases. CD90 and CD73 are upregulated in interstitial and vascular endothelial cells without CD45 expression. Mesenchymal stromal cells, but not pluripotent stem cells, may be mainly involved in bladder tissue repair.

Keywords: Oct4B, CD90, CD73, Electric, Stimulation, Bladder
Go to:
Introduction
In 2014, Obokata et al., reported a cellular reprogramming phenomenon with acid treatment called stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP). Unfortunately, their article was retracted because of misconduct, and the trial to replicate of the STAP cell phenomenon by other groups failed[1]. Nevertheless, the idea that strong environmental stimuli may reprogram differentiated somatic cells into less-differentiated ones is still worth pursuing.

The POU family transcription factor Oct4 (octamer-binding transcription factor 4) is an essential regulator of pluripotency and is of central significance in nuclear reprogramming[2]. It is one of the four reprogramming Yamanaka factors generating induced pluripotent stem cells[3]. Mesenchymal stromal cells (MSCs) are a rare population of non-hematopoietic stromal cells that reside in the bone marrow and connective tissues. They have the potential to differentiate into mesenchymal tissues such as bone, cartilage, muscle, and adipose tissues and, therefore, can be significant in tissue repair[4]. CD90 (thymus cell antigen 1) and CD73 (ecto-5’-nucleotidase) are surrogate positive markers of MSCs, while MSCs lack CD45 (leukocyte common antigen) expression[5, 6].
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posted by Kose at 18:25| STAP

謎!エピローグ4 GNOME-FLASHBACKでGNOMEクラシック化

なんだかオマケが長くなっている。
GNOMEを入れると多数の重いソフト、オフィスだけでなくGIMPとかInkscapとかグラフィックソフトも入る。それはWindowsに入っているので重複だ。

さっきインストールしたUbuntu16.04をディスクから削除(メニューを右クリックして一番下)。

Ubuntu16.04を再インストールしてGNOME FLASHBACKというソフトをインストールする。
http://www.debugpoint.com/2016/04/install-classic-gnome-flashback-in-ubuntu-16-04-replacing-unity/#

terminalを開いて
sudo apt-get update
sudo apt-get install gnome-session-flashback

メニューバー右歯車印からログアウト

SnapCrab_Ubuntu 16-4 - VMware Workstation 12 Player (非営利目的の使用のみ)_2017-1-15_13-31-13_No-00.png
COMPIZがGNOMEクラシック

これで、無駄なソフトの入らないGNOMEクラシック環境がえられた。
メニューはわかりやすい階層式だ。アホなドゥールーズ&ガタリがツリー=悪、リゾーム=善とか吹聴するから、Ubuntuは訳がわからなくなった。メニューが統計的だとか主張したい生物学の哲学者はどんなアホな主張をするんだろう。使っているうちに、進化するデスクトップをGoogleが開発できたら、AIの話聞いてやってもかまわんが・・・

SnapCrab_Ubuntu 16-4 - VMware Workstation 12 Player (非営利目的の使用のみ)_2017-1-15_13-35-52_No-00.png

Anaconda3が目標だけど、少しネットで調べて確認してから今日明日になんとか完了して、エピローグ・シリーズを終わらせたい。

posted by Kose at 13:42| 日記

謎!エピローグ3 Ubuntu16.04をVMwareにインストール後GNOME化

Ubuntuで構わない、あるいはUbuntuの方がよい。

重さはLubuntuとさして変わりがない。Ubuntuの方がよいのは、VWwareの「簡易インストール」に対応していて、アホでもインストールできるから。
とくにソフトを動かさないかぎり、4GBメモり60〜70%で動く。ウィンドウズだけだと50〜60%。大して負荷になっていない。

UbuntuのUnityデスクトップが相変わらず気に入らないので、GNOME クラシックに変えた。
apt-get -y install gnome

でソフトも含めたgnome環境が全部インストールされる。時間がかかる(他の方法もあると思うが)。
ログアウトして、ログイン画面右上の丸いアイコンをクリックすると、Unyty、Gnome 2、Gnomeクラシックが選択できる。クラシックが、GUIメニューのプロトタイプで、古い人間は理解がしやすいというだけ。ウィンドウズをひっくり返したようなもの。上にバーがある。

Gnome-2017-1-15_12-5-.png

昼食なんで、ここまで。
posted by Kose at 12:28| 日記

謎!エピローグ2 Anaconda の Linuxへのインストール

まずこちらを参考にした。

Lubuntuはデスクトップや応用ソフト以外はUbuntuと同じなので心配いらない。Debian系なのでFedora系とは異なると思う。

Anaconda を利用した Python のインストール (Ubuntu Linux)
http://pythondatascience.plavox.info/python%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/anaconda-ubuntu-linux/

Anaconda 4.2.0 For Linux
Anaconda is BSD licensed which gives you permission to use Anaconda commercially and for redistribution.

Download the installer
Optional: Verify data integrity with MD5 or SHA-256 More info
In your terminal window type one of the below and follow the instructions:
Python 3.5 version
bash Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh

Python 2.7 version
bash Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh

NOTE: Include the "bash" command even if you are not using the bash shell.
Python 3.5 version
64-BIT INSTALLER (455M)

$ cd ~/ダウンロード
$ ls
Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh
$ bash Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh

(インストール開始)
cd はディレクトリーを変更する。この場合「~」はホームディレクトリの意味。cd=change directry
cd ~/ダウンロード
 ホームのダウンロード(ディレクトリに)移動
ls ディレクトリ内のファイルを表示。タイプミスを防ぐことができる
SnapCrab_Ubuntu 64 ビット 2 - VMware Workstation 12 Player (非営利目的の使用のみ)_2017-1-15_7-21-49_No-00.png

というところまで行ったが

/home/user/anaconda3/bin

へのパスがどうしても通らないため何も起動しない。くたびれたので本日の午前中の仕事はこれで終わり。
posted by Kose at 10:13| Python&AI

謎!エピローグ1 訂正しました「ディスクを取り出す」

VMwareのトップバーのCDのアイコン(円形)をクリックして取り出してくだされ
SnapCrab_NoName_2017-1-15_5.png
posted by Kose at 06:00| 日記