2016年12月26日

4つの不正の意義

佐藤貴彦氏の著書は読んでおくべきだった。
しかし、今年1月まで1年くらい、ジョン・R・サールの未邦訳書の海賊訳をやっていて、睡眠も腰痛もどうしようもなくなり、休もうと思ったときに小保方晴子氏の『あの日』が刊行され(1月28日)、まあ本業離れてネットで遊んでいただけなので、本を読もうという気がなかったのである。渋谷一郎氏の本は読んだけれど。そしたらアホウが、小保方氏がSTAP HOPE PAGEに掲載した緑色蛍光の画像の「輪郭」を抽出して、不自然な加工の痕跡がないことをこのブログに掲載したら、毎日DoS攻撃するようになって、猛烈に頭にきて、戦争に参加することになったのである。
これ
TR-green2.png

今度はGIMPでやるが、というのも古いバージョンのPhotoshopがWin10で使えなくなったからなんだけど。

フィルター>輪郭抽出>色>脱色>色>明暗反転、で得られる。
Gimpはフリーだから自分でどうぞ。
https://www.gimp.org/

TR-green3.png
*若干直線的な部分が出るのは、PhotoshopだろうとGimpだろうと同じである。圧縮の影響が出ていると考えた。

俺は、輪郭が不自然ではなく、稚拙な加工は認められないといっただけである。上の緑の漠然とした図にこういうシワのようなものがあるというのが驚きである。推測では当然ながら「球状」であることが、外縁の輪郭の多さから言えるのではないかということである。こんなことは3分でできるので、これで恨まれていた日には、カップラーメン食うごとに人に恨まれなくてはならないことになる。

この画像と同時掲載されたグラフが、検証実験の前半で、相澤真一博士とともに小保方氏がやった予備実験の結果の一枚であることが、相澤論文のオースティン・スミス博士らのレビューへの回答で明らかになっている。相澤氏が、練習でどんないい記録を出しても、本番で出せなかったら意味がないとか、例えたその練習である。

ぼくの推測では、STAP HOPE PAGEは、漫然と小保方氏が自主的に作ったものではなく、5月にOCT4マーカー発現実験を成功させた、セントルイス・ワシントン大学(米大統領選の2回目が行われた大学)から依頼があってそれに応えたのじゃないかと推測している。というのもHP立ち上げ直前に、ハイデルベルク大学がOCT4マーカー発現失敗の論文を掲載したのだが、ワシントン大とハイデルベルク大の記事の受付日が同じだったからである。そしてHPのプロトコルを参考にしてワシントン大が成功したと考えられるのである。それを受けて、相澤論文の再掲載とレビューが続く。これらはそういってよければ「仕組まれた」作戦だったと思う。そのひとつの理由に、HPは初期の訂正以外全く更新されていないからだ。もう目的は果たされたと見なすことができる。

HPは科学コミュニティ上には存在しない。有志の科学者にとってのみ何か意味があるのである。
それも妨害工作にあったが、日本の妨害工作が「本物」であることを海外の有志の研究者たちは学んだに違いない。

そういうわけで、夏頃生物学の論文の翻訳をやったが、あれは本当に知識ゼロでやったので、上手くいかなかった。まだ睡眠も腰痛もひどかったし。頭にくるし。2ヶ月余休んで、腰痛も睡眠も98%位よくなった。たくさん生物学の本を読んだ。わからないことの方が多いが。

予測シリーズは、佐藤貴彦氏のT細胞の扱いに注文をつけるため、いろいろ考えたら、出てきたファンタジーのひとつである。

そこで不正認定された、増殖率のグラフのオリジナル・データの不在は、なんとSTAP幹細胞の非存在の証拠として評価できるという結論になってしまった。少なくともES細胞様のSTAP幹細胞は「ない」。

ぼくの勉強の成果だが、幹細胞の定義で、幹細胞は、A)自ら分化し(増殖し)、B)他の細胞に分化する(多能性)、の二つの条件をクリアしなくてはいけない(『幹細胞』岩波書店、2016)。多能性ばかりにみなさん目を奪われているが、Aの増殖のレベルが低ければ、幹細胞と認められないのである。だから、増殖率のグラフが不正だということは、STAP幹細胞がAの条件をクリアできていないという意味で、実在しないと言うことである。

ずいぶんお利口になったものだ。

TCR再構成については、佐藤貴彦氏の新著で批判した。リンパ球は骨髄で作られ、さらにT細胞は一度胸腺に送られてから、リンパ節や脾臓に蓄積されるため、枝葉末節な実験である。大前提と勘違いしている。おそらく脾臓由来のSTAP細胞は確率からいってB細胞であると考えるのが現実的だろう。T細胞はオマケである。そのオマケで骨髄由来の幹細胞ではないと証明できる程度である。これはサイエンス誌の指摘があったことがわかっているので、遡及的に研究不正ではないのは当然である。

テラトーマはまあ小保方氏が不思議ちゃんだと言うことでいいのかもしれないが、これは小保方氏がノートパソコン内でデータも論文もプレゼンも全部、いろいろ引っ越しをしながら、変更するというような独自のスタイルから起こるべくして起こったものという側面があるだろうことを指摘しておきたい。どれもこれもオフィスが画像データ管理似よい機能を提供しているとは思えないからである。MSが画像についてアドビの優性を終始覆す力がなかったせいかもしれない。

メチル化は最低3つオリジナルデータがあるので、STAP細胞が最低三回初期化された意味だと肯定的にとらえておこうと思うだけである。だいたいメチル化って知っている?細胞が分化してより特殊な細胞になるとDNAの部分がメチル化という修飾で、いわば黒塗りされて、読み取れない状態になることを言うのだと言うことをこの2ヶ月余で学んだ。

理論的には、細胞膜の損傷が、「何か」を引き起こし、「脱メチル化」が生じて、初期化されるのだ。
都庁の文書がのり弁状態だったのが、追求を重ねるうちに、全文読めるようになるのと似ている。

そうすると、テラトーマは証拠価値が肯定的にも否定的にも価値がない意味不明な(見栄えがよいだけか)不正かもしれないが、全体として小保方氏の不正は他愛がなく、「STAP幹細胞の増殖能は本当はどの程度のものだったか」というのが、STAP細胞事件の科学的意義における不正の存否を決めると私は思う。
posted by Kose at 22:09| STAP

予想!その3 細胞増殖率測定のグラフのねつ造=STAP「幹」細胞の生データなし

まあぼくはなんだかわからないのだが、「増殖」について「生データ」がなく、Yamanaka&Takahashiのグラフのぱくりだということである。小保方氏の作成だが、佐藤貴彦氏は、若山氏がYmamanaka&Takahashiのようなグラフを求めたと認定している。

『残された謎』で次の通り
(三)細胞増殖率測定のグラフねつ造
 これはねつ造として、もっともわかりやすいものである。実験の目的はSTAP細胞とES細胞の増殖率を比較するというもの。・・・ここで指摘された問題点は、(一)植え継ぎ時に細胞数を正確に測定していない。(二)希釈率も曖昧でオリジナルデータが存在していない。(三)小保方氏の勤務記録と照合すると約三日ごとの測定が不可能である。


『あの日』では、小保方氏はSTAP細胞は増殖しない(乏しい)と断言しており、そういうものとしてハーバードに帰る決断すらしたと書いている。おそらく次の部分が認定されたねつ造(三)の部分であろう。
若山先生の行った幹細胞樹立実験の再現をとるため、私はスフェアから若山先生がES細胞様に増殖させることに成功した特殊な培養液を用いて培養を試みていたが、確かに若干は増えてくるものの、増えてきた細胞の形状も増殖能もES細胞とはほど遠いものだった。

続けて
若山研では、胚操作によって作成されたマウスを使った重要なデータを補佐するためのデータは「飾りのデータ」と呼ばれ、まず結論へのストーリーに合う仮のデータを「仮置き」の形で図表として用いて論文執筆を行う方法がとられていた、今回の論文執筆の場合も、若山先生が作成したキメラマウスという重要なデータに合わせた補佐のデータを作っていく若山研での方法に従って行われていた。


したがって、ES細胞様の増殖能をもつSTAP「幹」細胞というもののin vitroの裏付けは「ない」というのがねつ造(三)の意味だと解することができる。あくまでin vivoのキメラマウスの事実があるだけであるという主張を裏付ける。

『事件の真相』では科学的問題ではなく、事件としての問題を扱うため、科学的事実として『謎』より突っ込んでいるわけはない。そうではなく東大等の不正で見られる指導研究者の暗黙の圧力が不正の温床となっているという文脈で、このグラフのねつ造をとらえ直している。
「生データをチェックしなかった」あるいは「実験結果の内容を知ろうとしなかった」ことは実験を指導した本人に捏造教唆の自覚があったことの間接的証明になる。


そうではない。『あの日』の上記の引用から、データはなかったし、それはSTAP細胞の増殖能のグラフなど作りようがなかった、と指摘すべきであろう。

まとめると
1)キメラマウスの飾りのデータとしてES細胞様の増殖能のグラフを求められ、捏造した
2)キメラマウスはin vivoで確立していたと仮定できるが、
3)ES細胞様の増殖能をもつSTAP幹細胞のデータを小保方氏は現に得ていない
4)よってSTAP「幹」細胞は架空の存在でありえる

前回予想した、STAP幹細胞の非存在は佐藤貴彦氏と小保方晴子氏の証言でさらに明らかになった。
STAP細胞とSTAP幹細胞の区別は『あの日』まで曖昧で、出版後若山研が樹立したSTAP幹細胞があたかも「ある」という認識が広まった。だがである。小保方氏にその証言はなく、しかも幹細胞の定義のひとつである増殖能が「架空」である以上、in vitroのES細胞様のSTAP幹細胞は、in vivoのキメラマウスの飾りのデータ(架空の存在)に過ぎないと結論してよいように思われる。

幹細胞の定義は、A)それ自身増殖し、かつB)他の細胞に分化することだが、Bはキメラマウスで証明できるが、Aは証明されない。

よってSTAP幹細胞だとされるFLSという試料がなんであるかは全く不明あるいは何でもいいということだ。次のようなSTAP幹細胞を前提にした遺伝子解析は虚しい。
若山氏が提供した GFP により光るマウスから、小保方氏が STAP 細胞を作製し、それを若山氏が受け取って STAP 幹細胞株を樹立したとされる。

そんなものはない!!!

http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140616_2/20140616_2_2.pdf
2014年7月22日
「CDB に保全されている STAP 関連細胞株に関する検証について」(6月16日)の訂正
発生・再生科学総合研究センター
センター長 竹市雅俊

去る6月16日に「CDB に保全されている STAP 関連細胞株に関する検証について」で 解析結果を報告した。そのなかで、若山研から提供された情報に基づき解析を行った結 果、3種類の STAP 幹細胞株のうち、CAG-GFP 遺伝子の挿入を持つ2種類の細胞株(FLS 細胞株と AC129 細胞株)は、互い異なる染色体に挿入を持つ事、FLS 細胞株では15番 染色体、AC129 細胞株では18番染色体であるとした。しかし、その後の調査により、 以下のことが判明した。
1)FLS 細胞株において、GFP 遺伝子の挿入は15番染色体としたが、これは、「若山研 には、全身が光るマウスは CAG-GFP 遺伝子のみが挿入された系統しか存在しない」とい う前提で解析を行ったことによる解釈の誤りであった。
2)FLS 細胞株で、染色体に挿入されているのは CAG-GFP 遺伝子だけではなく、Acr-GFP 遺伝子も同じ染色体部位に並んで挿入されていることが判明した。
3)Acr-GFP 遺伝子とは、精子先体反応の構成成分であるアクロシン(Acrosin)遺伝子 の発現を調節する領域(Acr-promoter) に GFP 遺伝子が接続されたもので、精子で GFP を発現する。CAG-GFP 遺伝子のみを持つマウスでは、精子で GFP 遺伝子を発現しないが、 Acr-GFP 遺伝子と CAG-GFP 遺伝子を共に挿入したマウスでは、精子を含む全身で GFP 遺 伝子を発現する。
4)CAG-GFP 遺伝子と Acr-GFP 遺伝子が共挿入されたマウスは大阪大学岡部研究室で樹 立され、その系統は CDB の若山研究室に分譲され維持されていた。 上記より、6月16日に報告した「解析結果に対する見解」を、次のように訂正する。

1.若山氏が提供した GFP により光るマウスから、小保方氏が STAP 細胞を作製し、そ れを若山氏が受け取って STAP 幹細胞株を樹立したとされる。保管されていた STAP 幹細 胞株の解析から、前回の報告で、その由来が不明とされていた FLS STAP 幹細胞株につ いて、CAG-GFP 遺伝子及び Acr-GFP 遺伝子が並列に染色体に挿入されていることが判明 した。

2.CAG-GFP 遺伝子と Acr-GFP 遺伝子が共挿入されたマウスは大阪大学岡部研究室で樹 立され、その系統は CDB の若山研究室に分譲され維持されていたが、FLS 細胞株(STAP 幹細胞)と当該 Acr-GFP/CAG-GFP マウス(岡部研由来マウス)が、同じ染色体部位に GFP 遺伝子の挿入を持つかどうかは現在調査中であり、明確な結果が得られ次第報告す る。
以上、報告の誤りを訂正する。 追記:前回の発表での誤表記:
誤:FLS-3およびFLS-4: B6129F1: CAG-GFP, ♂
正:FLS-3およびFLS-4: 129B6F1: CAG-GFP, ♂
posted by Kose at 10:59| STAP