2016年09月10日

オースティン・スミス教授(Trust - Medical Research Council Cambridge Stem Cell Institute)

相澤慎一博士の検証実験論文に、小保方晴子さんの同意が得られていないこと、連絡が取れないことに遺憾の意を表明したケンブリッジ大のオースティン・スミス教授のプロフィール・ページを訳しました。

Trust - Medical Research Council Cambridge Stem Cell Institute
研究者

Austin Smith
Austin Smithオースティン・スミス(Austin Smith)教授
幹細胞の権威
メール:************

研究室所在地:
ケンブリッジ幹細胞研究所、グリーソンビル
所属部門:生化学教室
オースティン・スミス教授の詳細については、次の通り。
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バイオグラフィー
オックスフォードの学部学生時代、オースティン・スミス教授は、多能性の虜になりました。エジンバラで博士課程とオックスフォードに戻ったポスドク研究を通じ、この関心を追求しました。彼は1990年にグループリーダーとしてエジンバラに戻り、1996年から幹細胞研究のためのゲノム機能研究センター、のちの幹細胞研究所のディレクターでした。2006年、彼はケンブリッジに移り、そこで幹細胞研究所の創設ディレクターとなりました。

スミス教授は、医学研究審議会教授、EMBOメンバー、エディンバラとロンドンの王立協会のフェローです。 2010年に彼はLuis Jeantet賞を受賞し、2016年彼は、イノベーションのためのISSCR McEwen賞を受賞しました。

ファウンディング
アイザック・ニュートン・トラスト、ウェルカムトラスト、医学研究評議会、シェフィールド大学、欧州委員会、マイクロソフトリサーチ

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我々は、多能性は3つの段階に分割することができることを提案します。 、初期(naïve)、形勢期(formative)、完成期(primed)です。移植後の胚盤葉上層幹細胞(EpiSCs)が完成された多能性を表しながら、マウス胚性幹細胞は、初期段階に対応しています。従来のヒト多能性幹細胞はEpiSCsにより類似しています。私たちの現在の研究は、これらのヒト細胞が初期状態に「リセット」とすることができること、さらに初期細胞がヒト胚から直接取り込むことができることを示しています。 (Credit – adapted from Kalkan & Smith, Proc Roy Soc 2015)

研究
我々は、多能性幹細胞の研究を行っています。これらは、すべての体細胞型を生成する可能性を保持する初期胚由来の細胞株です。私たちの目標は、どのようにそれらがこの広範な能力を維持し、どのようにそれらが系統特異性とコミットメントに移行するかを理解することです。私たちは、共通原理と種=特異的適応を解明するために、異なる哺乳動物に由来する多能性細胞を比較します。

グループ・メンバー
Nicholas Bedencamp
YaoYao Chen
James Clarke
Rosalind Drumond
Ge Guo
Tuzer Kalkan
Masaki Kinoshita
Meng Amy Li
Sam Myers
Mariya Rostovskaya
Meryem Ralser
Stanley Strawbridge

分かりやすい英語
初期胚の細胞の小集団は、動物のすべての細胞のタイプを作る能力を獲得します。この特性は、多能性と呼ばれています。実験室での多能性細胞を増殖させることができます。これらは、胚性幹細胞と呼ばれています。過去10年間のマウス胚性幹細胞を用いた研究では、多能性を制御するマスター遺伝子を同定しました。しかし、私たちはよく理解していない重要な部分はまだあります。どのように多能性細胞は、異なるタイプの組織を作るために選ぶのか?我々は、マウス、ラットおよびヒトでこの問題を研究しています。この作業の目的は、薬学研究や臨床応用のための信頼性の高い基盤を提供することができるよく理解された性質をもつヒト胚性幹細胞を手に入れることです。

主な出版物
Takashima Y, Guo G, Loos R, Nichols J, Ficz G, Krueger F, Oxley D, Santos F, Clarke J, Mansfield W, Reik W, Bertone P, Smith A (2014) Resetting Transcription Factor Control Circuitry toward Ground-State Pluripotency in Human. Cell 158 (6), 1254-1269. PMCID: PMC4162745
Ying QL, Wray J, Nichols J, Batlle-Morera L, Doble B, Woodgett J, Cohen P, Smith AG (2008) The ground state of embryonic stem cell self-renewal. Nature 453 (7194), 519-523. PMID: 18497825
Chambers I, Colby D, Robertson M, Nichols J, Lee S, Tweedie S, Smith AG (2003) Functional expression cloning of Nanog, a pluripotency sustaining factor in embryonic stem cells. Cell 113 (5), 643-655. PMID: 12787505.
Nichols J, Zevnik B, Anastassiadis K, Niwa H, Klewe-Nebenius D, Chambers I, Scholer H, Smith AG (1998) Formation of pluripotent stem cells in the mammalian embryo depends on the POU transcription factor Oct4. Cell 95 (3), 379-391. PMID: 9814708.
Smith AG, Heath JK, Donaldson DD, Wong GG, Moreau J, Stahl M, Rogers D. (1988) Inhibition of pluripotential embryonic stem cell differentiation by purified polypeptides. Nature 336 (6200), 688-690. PMID: 3143917.


追加 2016月9月14日
スミス教授のレビューの時系列の位置づけ
2016年STAPクロニクル
(2015年10月20日 ヘブライ大学論文レシーブ)
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1月28日 『あの日』発売
 ・
2月8日 ワシントン大論文 レシーブ
2月8日 ハイデルベルク大論文 レシーブ
 ・
3月8日 ハイデルベルク大論文 アクセプト
3月10日 ハイデルベルク大論文 オンライン公開
3月25日 小保方晴子 STAP HOPE PAGE公開
 ・
4月12日 瀬戸内寂聴 わくわく日より4 あの日 発売
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5月18日 ES細胞窃盗告発事件 不起訴
5月20日 ワシントン大 アクセプト
5月24日 小保方晴子・瀬戸内寂聴対談発売
5月26日 STAP特許移譲
THE BRIGHAM AND WOMEN'S HOSPITAL, INC
.→ VCELL THERAPEUTICS, INC.
 ・
(6月4日 ヘブライ大学論文アクセプト)
(6月9日 韓国特許国際公開日)
6月13日 オースティン・スミス教授相澤論文レビュー公開
6月15日 ワシントン大論文 オンライン公開
 ・
(7月7日 ヘブライ大学論文公開)
7月18日 ワシントン大論文についてのツイートあり(消える)
8月16日 ワシントン大論文についてのツイート。「有志の会」投稿
 ・
(BPO勧告?)

posted by Kose at 19:42| STAP

【ryobu-0123】Stap事件 ― 建設的な議論とは何かを考えてみよう!

ここがリンクされている。すっかり有名人だな。今回も大変面白い記事である。ryobu-0123さんの客観的姿勢には見習うべきものが多くある。ただし、ああいう新宿歌舞伎町の裏通りみたいなところの文化人類学をやる気力はない。そうとう怒りっぽいからね。その文化人類学の続きだ。議論に入りつつ、彼らを客観視する態度はやはり素晴らしい。できるだけ短く抜粋するので、ぜひryobu-0123さんのブログをお読みになっていただきたい。

Stap事件 ― 建設的な議論とは何かを考えてみよう!
ryobu-0123のブログ 2016/9/10
http://ryobu.hatenablog.com/entry/2016/09/10/035327
・・・・・
一方、当該記事で問題視し、取上げたブログである『「結論ありき」の非専門家ブログが社会を混乱させている:世界三大不正STAP事件の正しい理解を社会に広める会 』(以下、「ブログ]」と記す)にも目を通すと、筆者がグラフ化した、コメント数上位メンバーが相変わらず不毛のコメント合戦をしている。8月30日の記事「韓国の特許の件」http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/6563945.html 
のコメント欄でハンドルネーム「エリ」さんが、
『「制限」さん(= 中村公政氏)本人のブログ(http://lunedi.sblo.jp/article/176725210.html)で「このブログ(ryobu-0123のブログ)の読者になってほしい。」と言っていたのはもう、驚愕です。』とコメントしている。
同氏のブログには「・・ある種の文化人類学的労作」と筆者ブログ記事を評していただいた。
「エリ」さんはその記事の反論をしているのだが、そのコメントを読むと、まるで頓珍漢で論評に値しない。
その後、「感想」さん(Li博士と知合いの科学者? http://expo70.xyz/interview-with-Prof-Li.html の物議を醸した質問者?)がそのコメントをフォローしてコメントしている内容が面白い。
どうやら、筆者ブログを通報したらしいのだが(どんな通報をどこにしたのか全く私は知らないのに)、それを知った私を怒らせ、反撃されたと思ったようだ。
・・・・・・
あのグラフは捏造はないし、コメンテーターの意見の自由を奪うものもない。・・・・・このブログの趣旨に沿ったコメントするのは勝手だが、日本を無暗に貶めるだけの不毛の意見だと私は考えている。
そうした「不毛のコメント活動を四六時中やっているカルト的集団の発生」したことは「真の問題点と向き合い、改善、向上、発展に向けて衆知を集めて解決策をたて、実現をしようとする人達の言動」を妨害する一つの社会問題だと述べたに過ぎない。
・・・・・
筆者の認識では、2014年末、桂調査報告を基に、理研が決着した内容を、
A) 是認しているグループ と、 B) 否認しているグループ とに分かれて議論していると理解している。
・・・・・
Aのグループの人達は既に桂調査報告を承認して、STAP論文の撤回や研究不正の判定や人事的処分の決定の全てを問題無しとする立場を取っている・・・・・ところが、そんな良識の無い人達がAグループにいて、しかも、相当の知識人やその筋の専門家もいるから厄介である。
・・・・・
ブログXのコメントを更に拾い読みしていると、「ため息のブログ」先生をエリさんが紹介している。
〜アノ姐さん アホがカウントしているよ〜
http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/
と、わざわざ筆者のブログを紹介し、私をアホ呼ばわりしている乱暴者がいた。
・・・・・
主観的に過ぎず、慇懃無礼な言動には気を付け、より客観的に、穏やかに、建設的な議論の種を蒔いていってほしいものだ。


変更・追加
SIGH氏の代理人を名乗る人物がその実名を削除してほしいとのメールくれたのでSIGH氏のryobu-0123氏の引用以外は削除させていただきました。また引用中のまた同代理人からryobu-0123氏にも削除依頼をしているとのことでしたので、ryobu-0123氏の引用の関連部分は削除しました。この件は、ryobu-0123氏がたまたま僕の実名掲載したので、実名にこだわっただけです。

すべての批判派の方は、実名で小保方さん擁護派を堂々批判していただくと励みになります。
posted by Kose at 12:56| STAP

【BJ】STAP論文、海外有力大学が論文で引用…英研究者「小保方氏の研究は価値ある貢献」 追加修正:20160913

上田記者の新記事です。
インタビューで登場する「中村公政」はぼくです。
ブログはここです。この記事が出る前に、ブログの見かけも整理しました。リアリズムを追求して実名報道です。へぼい意見でも事態を0.1mでも動かせればいいです。
ぼくは、本当に実在論者/リアリストなんですよ。理論家ではない。それについては。ジョン・サールの哲学の翻訳リンクしてあるので読んでくださいね。

注;文中で修正がありました。オースティン・スミス教授の文章は逐語的に単純に意味が取れないため、単刀直入に理解できるようにしています。これについてはぼくの注釈の次のページをご覧ください。
オースティン・スミス教授のアイロニーを理解する
http://lunedi.sblo.jp/article/176837238.html
 全然別なところで修正があったみたいのでそれも修正しました。┐(´д`)┌ヤレヤレ

上田眞実記者には大変お世話になりました。すべての記事の価値は記者の献身的報道姿勢によるものです。
ありがとうございました。この場を借りて謝意を捧げます。

STAP論文、海外有力大学が論文で引用
文=上田眞実/ジャーナリスト
Business Journal > ジャーナリズム 2016.09.10
http://biz-journal.jp/2016/09/post_16600.html
 また海外の研究機関で小保方晴子氏筆頭の論文が引用され、再生医療の研究に貢献していることが明らかになった。引用されたのは日本では徹底的に否定された「STAP細胞論文」だ。
 STAP論文は「体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見」として2014年1月29日に独立行政法人(当時)理化学研究所(理研)が発表し、同30日に英科学誌「ネイチャー」に掲載された。しかし、すぐに画像の不備などが見つかり、同年7月2日に取り下げられることを理研が発表した。この論文は、マウスから取り出した体細胞を酸性浴で培養すると、初期化され多能性を持つようになった、とする論旨が示されていた。論文には酸性浴のほか、細胞を初期化するさまざまな刺激方法が書かれており、発表された当時は「世紀の発見」として科学界のみならず、多くの衆目を集めた。
 今回、小保方氏のSTAP論文をリファレンス(参考文献)に上げたのは、米セントルイス・ワシントン大学メディカルスクールの研究者グループで、「ネイチャー」の姉妹版ウェブ媒体「サイエンティフィック・リポーツ」に掲載された「酸性状態の培養でがん細胞をOCT-4へ誘導する事を4つのがん細胞で認めた」という論文。今年6月15日に公開された。
 この論文には、このように実験結果が報告されている。
「Octamer-binding transcription factor 4 (OCT-4) is an important marker of cellular de-differentiation that can be induced by environmental stressors, such as acidity. Here we demonstrate that chronic acidic stress in solid tumors induced OCT-4 expression in fibroblasts and other stromal cells in four tumor models.(訳:オクタマー結合タンパク質(OCT-4)は、酸のような環境ストレスにより誘導されうる細胞脱分化の重要なマーカーである。ここで私たちは、4つのがん細胞のモデルで、固形腫瘍における慢性的な酸ストレスが繊維芽細胞や他の間質組織細胞でOCT-4を誘導したことを示している)」
 つまり、小保方氏が書いたSTAP細胞論文で示した「物理的ストレスによって体細胞が初期化した」と同じ効果が、がん細胞のストレス実験で確認されたことが報告されている。つまり、小保方氏が書いたSTAP細胞論文で示した「物理的ストレスによって体細胞が初期化した」と同じ効果が、がん細胞のストレス実験で確認されたことが報告されている。がん細胞と、がん転移のひとつの原因とされるがん幹細胞の関係に光が当てられる可能性が示唆されたともいえる。今後は、細胞ががんになるメカニズムの解明や、がん細胞の動きを抑制してほかの臓器へ転移することを防ぐ研究が目覚ましい発展を遂げる可能性もある。今後は、細胞ががんになるメカニズムの解明や、がん細胞の動きを抑制してほかの臓器へ転移することを防ぐ研究が目覚ましい発展を遂げる可能性もある。
 研究の進歩によっては、がんは不治の病ではなくなり、高額のがん治療費は過去のものになるかもしれない。日本の科学界で放逐されたSTAP細胞論文は、海外の研究者の間でがん細胞のように、しぶとく生き残っていた。これはひとえに、小保方氏の研究のユニークさの賜物だ。

「小保方氏と連絡が取れないのは不幸なこと」

 この論文を速報したSTAP細胞論文問題を追及するブログ「白鳥は鳥にあらず」を運営する元・文部事務官で、社会科学と図書館学の研究者でもある中村公政氏に話を聞いた。中村氏は「世界最大の人道危機」と呼ばれる「スーダン・ダルフール紛争」の人権擁護活動なども行っていた。
――今年に入り、相次いでSTAP細胞論文が追試されたり、研究に引用されたりしています。
中村公政氏(以下、中村) 独ハイデルベルク大学のSTAP細胞の追試を報告した論文と、今回私が紹介したセントルイス・ワシントン大学の論文は、掲載誌への投稿日が同じで、研究の主題も「がん細胞を酸性浴で多能性を確認する」と同じでした。ハイデルベルク大は研究者の予想に反して多能性の確認まで至らず、結果が思わしくなかった。しかし、アクセプト(編注:学術誌に投稿した論文が審査を受けて掲載されること)された論文内で、STAP論文共著者である笹井芳樹博士へ哀悼の意を表し、この研究が笹井氏の遺志を継承するものであることを示しました。ハイデルベルク大はSTAP論文に書かれた方法でがん細胞を使って実験し、その成果をオランダの学術誌に発表しました。
――ハイデルベルク大の論文では、「STAP論文のプロトコル(実験の手順)で試したが、予想に反して論文と同じ結果は出なかった」と報告されました。一方、セントルイス・ワシントン大学は酸性浴でがん細胞を初期化させることに成功しています。内容はSTAP細胞のプロトコルではありませんが、参考文献として引用されています。
中村 セントルイス・ワシントン大学の場合、投稿してから掲載されるまでの期間が大変長く、新実験が行われ論文の修正が行われた可能性があり、そこで小保方さんが3月に立ち上げたサイト「STAP HOPE PAGE」を参照したのではないでしょうか。
――3月10日に公開されたハイデルベルク大の論文よりも、6月15日に公開されたセントルイス・ワシントン大学の論文のほうが、がん細胞を酸性浴で多能性に導くことに成功しています。やはり「STAP HOPE PAGE」の公開が実験に良いヒントを与えた可能性も大いにありますね。
中村 はい、そう思います。そして程度はともかく、OCT−4マーカーの実験に成功しました。

――細胞が多能性を示すと発現するOCT−4マーカーが、がん細胞から確認されたということは、がんが初期化されたことを意味しますね。酸性浴で細胞のがんの記憶を消したということでしょうか。酸性ががんに及ぼす影響や、がんが治療薬にどう反応するかなど、がんを治療する研究にSTAP細胞論文が引用され、実験成功へのヒントになっています。海外と日本とではまったく対応が違います。
中村 小保方さんは「婦人公論」(中央公論新社/6月14日号)に掲載された作家・瀬戸内寂聴さんとの対談で、海外からのオファーがあると堂々と話しました。セントルイス・ワシントン大メディカルスクール(日本の大学院相当)は、日本では無名ですが現役ノーベル医学生理学賞学者を多数擁する名門です。もしも、そこから小保方さんにオファーがあったとしたら、STAP特許の問題が解決するかもしれません。
――セントルイス・ワシントン大の医学部はアメリカでもっとも入学が難しいといわれていますが、再生医療に関係するベンチャー企業とのつながりも深い。
中村 そうです。また、理研特別顧問の相澤慎一氏がSTAP細胞の検証結果を投稿したサイト「F1000Research」に、英ケンブリッジ大学のオースティン・スミス博士からレビューがあり、以下のように記述されています。
「2つのSTAP論文は今では多くのエラーと不正を認めて撤回されているが、撤回通知は諸結果が再現不可能であると明言するのではなく、単に『我々はSTAP-SC現象が本物であるかどうか疑いなく言うことができない』というだけである。そのため、この研究は科学コミュニティへの価値ある貢献である。小保方氏と連絡が取れないのは不幸なことである。彼女が今回の結論に同意したか確認を取れれば望ましかった。しかし、私は彼女が共著者であるいかなる要件もあるとは思わない。なぜなら彼女は相澤博士の明白な指示監督下でその仕事を行ったからである」

海外で引用され続けるSTAP論文

――このレビューからは、スミス博士が小保方氏の研究に多いに興味を持ったことがうかがえます。
中村 そうですね。この博士は幹細胞の専門家ですから、私は小保方さんがSTAP細胞を研究する道が途絶えたとは思えないのです。海外では5月頃からSTAP細胞論文に関する研究論文発表と特許取得への動きが盛んでした。その頃日本では「婦人公論」の寂聴さんとの対談に登場した小保方さんの姿に興味が集中していました。

――海外ではSTAP細胞論文が引用され、がん細胞治療の研究は進歩していますが、日本で話題になるのは「小保方さんのワンピースが白かった」などといったことばかりです。

中村 遺伝子の操作が不要なストレスの刺激という最先端とはいえない方法で、細胞が多能性を示すことを発見した小保方さんの研究は、それ自体とても重要です。キメラマウスができたかどうかではなく、基礎研究の発展に目を向けるべきなのです。
――ありがとうございました。
 海外では日本で吹き荒れた「噂の域」にすぎない研究者へのネガティブキャンペーンには興味を示さず、論文で報告された研究の概念、発見の価値に科学的意義を求めている。小保方氏の提唱したSTAP細胞の学術的価値に目を向けて、論文を修正する方向にならなかったのは日本の不幸といえる。日本は、自らの同調圧力で取り下げさせたSTAP論文が海外で引用され続けるのを、指をくわえて黙って見ていることしかできないのだろうか。
(文=上田眞実/ジャーナリスト)
posted by Kose at 11:09| STAP

在若山研・博士課程学生(当時)寺下論文「体細胞核リプログラミングの最適化による体細胞クローン動物作出効率の改善に資する研究」

寺下愉加里氏は、2011年頃若山研STAP細胞研究時に在籍していたことが確実であるスタッフの一人である。この論文には、「小保方晴子先生」への謝辞が述べられている。
メディアは寺島氏に取材をした形跡がない。
また論文末尾の謝辞に「小保方晴子先生」への感謝が述べられているが、感謝しているとは思えない。ちなみに東北大所属で大隅典子の子分か???要検証!!!
しかし2011年の時点で、小保方晴子さんが、若山氏や故笹井氏と並んで「先生」と呼ばれる存在感をもっていたことが思わず明らかになる(まだハーバード大所属のポスドクでしかなかったのだが)。


博士論文
体細胞核リプログラミングの最適化による体細胞クローン動物作出効率の改善に資する研究
東北大学大学院農学研究科応用生命科学専攻動物機能科学講座動物生殖科学分野
平成 23 年 4 月博士後期課程進学
寺下愉加里
指導教員 種村健太郎 准教授


PDF
http://ir.library.tohoku.ac.jp/re/bitstream/10097/58298/1/140326-Terashita-1083-1.pdf

画像
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参考資料
http://desktop2ch.net/life/1404143557/

小保方晴子が愛するSTAP細胞
http://essay-hyoron.com/essay42.html
理研のウェブサイトで、小保方ユニットの組織を調べた。予想通り(!)に、彼女のユニットの組織図が抹消されていた。 MEMBERSのページには、「このページは現在作成中です。しばらくお待ちください。」、という素っ気ないメーッセージしかなかった。テレビで、小保方の部下が数人いる、と報道されたことがあった。理研幹部は、小保方ユニットのメンバーの名前が、外部に知られることを恐れているようだ。
・・・・・
小保方の実験の評価ができる研究者として、特に注目しなければならない研究者が3人いることは、共著者を見れば分かる。理研内の、小保方と同じグループに所属している研究者たちだ。

第1報では、現在は山梨大学の教授になっている 若山照彦 。第2報では、若山以外に、 寺下愉加里 と 戸頃美紀子 がいる。寺下は、小保方と同じ2つのグループに所属し、戸頃は、ゲノム・リプログラミング研究チームに所属している。同じ研究室で、小保方と一緒に実験を行っていた寺下と戸頃が、重要な鍵を握っているのは明白だ。
これらの3人娘は、お互いの仕事の中身を完全に把握していただけではなく、おしゃべり仲間だった可能性が高い。プライベートな話も、仕事の合間にやっていたことだろう


Nature Letter (キメラ論文)
Haruko Obokata (小保方晴子), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Mitsutaka Kadota (門田満隆), Munazah Andrabi, Nozomu Takata (高田望), Mikiko Tokoro (野老美紀子), Yukari Terashita (寺下愉加里), Shigenobu Yonemura (米村重信), Charles A Vacanti (チャールズ・バカンティ), Teruhiko Wakayama (若山照彦)
*Article(STAP現象論文)には寺下は名を連ねていない。

そういうわけで2011年〜2014年(小保方研誕生―ニュース映像におぼちゃんの割烹着と一緒に映っている)まで寺下にはチャンスがあった。しかも若山研出身で、大隅典子の東北大出身・所属である。人当たりは、いいやつだろうな。

写真 どちらかは不明
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上とは関係ないが

和モガ・ブログより
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-106.htm
「この1番(マウスすり替え)と2番(129/GFP ES配置)、3番(FES1すり替え)は種類違いますね。」とおっしゃる。いや、よく分かってらっしゃる。「確かに。2、3の被害者は小保方さんじゃなく、調査委員会ですね。でも、3つ揃ってひとつの事件を構成してるんですけど・・・・」。すると、おもむろに、

「この1番、時効になっています。去年の12月に。」

・・・・一瞬、目が点になってしまいました。あー、確かに・・・・。いや、これは、全く頭から抜け落ちていました。道理で、「これ、なんで2011年12月って分かるんですか?」と聞いてくるはずだ。実際には4年前の古い出来事だったんですね。
posted by Kose at 08:06| STAP