2016年09月10日

【BJ】STAP論文、海外有力大学が論文で引用…英研究者「小保方氏の研究は価値ある貢献」 追加修正:20160913

上田記者の新記事です。
インタビューで登場する「中村公政」はぼくです。
ブログはここです。この記事が出る前に、ブログの見かけも整理しました。リアリズムを追求して実名報道です。へぼい意見でも事態を0.1mでも動かせればいいです。
ぼくは、本当に実在論者/リアリストなんですよ。理論家ではない。それについては。ジョン・サールの哲学の翻訳リンクしてあるので読んでくださいね。

注;文中で修正がありました。オースティン・スミス教授の文章は逐語的に単純に意味が取れないため、単刀直入に理解できるようにしています。これについてはぼくの注釈の次のページをご覧ください。
オースティン・スミス教授のアイロニーを理解する
http://lunedi.sblo.jp/article/176837238.html
 全然別なところで修正があったみたいのでそれも修正しました。┐(´д`)┌ヤレヤレ

上田眞実記者には大変お世話になりました。すべての記事の価値は記者の献身的報道姿勢によるものです。
ありがとうございました。この場を借りて謝意を捧げます。

STAP論文、海外有力大学が論文で引用
文=上田眞実/ジャーナリスト
Business Journal > ジャーナリズム 2016.09.10
http://biz-journal.jp/2016/09/post_16600.html
 また海外の研究機関で小保方晴子氏筆頭の論文が引用され、再生医療の研究に貢献していることが明らかになった。引用されたのは日本では徹底的に否定された「STAP細胞論文」だ。
 STAP論文は「体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見」として2014年1月29日に独立行政法人(当時)理化学研究所(理研)が発表し、同30日に英科学誌「ネイチャー」に掲載された。しかし、すぐに画像の不備などが見つかり、同年7月2日に取り下げられることを理研が発表した。この論文は、マウスから取り出した体細胞を酸性浴で培養すると、初期化され多能性を持つようになった、とする論旨が示されていた。論文には酸性浴のほか、細胞を初期化するさまざまな刺激方法が書かれており、発表された当時は「世紀の発見」として科学界のみならず、多くの衆目を集めた。
 今回、小保方氏のSTAP論文をリファレンス(参考文献)に上げたのは、米セントルイス・ワシントン大学メディカルスクールの研究者グループで、「ネイチャー」の姉妹版ウェブ媒体「サイエンティフィック・リポーツ」に掲載された「酸性状態の培養でがん細胞をOCT-4へ誘導する事を4つのがん細胞で認めた」という論文。今年6月15日に公開された。
 この論文には、このように実験結果が報告されている。
「Octamer-binding transcription factor 4 (OCT-4) is an important marker of cellular de-differentiation that can be induced by environmental stressors, such as acidity. Here we demonstrate that chronic acidic stress in solid tumors induced OCT-4 expression in fibroblasts and other stromal cells in four tumor models.(訳:オクタマー結合タンパク質(OCT-4)は、酸のような環境ストレスにより誘導されうる細胞脱分化の重要なマーカーである。ここで私たちは、4つのがん細胞のモデルで、固形腫瘍における慢性的な酸ストレスが繊維芽細胞や他の間質組織細胞でOCT-4を誘導したことを示している)」
 つまり、小保方氏が書いたSTAP細胞論文で示した「物理的ストレスによって体細胞が初期化した」と同じ効果が、がん細胞のストレス実験で確認されたことが報告されている。つまり、小保方氏が書いたSTAP細胞論文で示した「物理的ストレスによって体細胞が初期化した」と同じ効果が、がん細胞のストレス実験で確認されたことが報告されている。がん細胞と、がん転移のひとつの原因とされるがん幹細胞の関係に光が当てられる可能性が示唆されたともいえる。今後は、細胞ががんになるメカニズムの解明や、がん細胞の動きを抑制してほかの臓器へ転移することを防ぐ研究が目覚ましい発展を遂げる可能性もある。今後は、細胞ががんになるメカニズムの解明や、がん細胞の動きを抑制してほかの臓器へ転移することを防ぐ研究が目覚ましい発展を遂げる可能性もある。
 研究の進歩によっては、がんは不治の病ではなくなり、高額のがん治療費は過去のものになるかもしれない。日本の科学界で放逐されたSTAP細胞論文は、海外の研究者の間でがん細胞のように、しぶとく生き残っていた。これはひとえに、小保方氏の研究のユニークさの賜物だ。

「小保方氏と連絡が取れないのは不幸なこと」

 この論文を速報したSTAP細胞論文問題を追及するブログ「白鳥は鳥にあらず」を運営する元・文部事務官で、社会科学と図書館学の研究者でもある中村公政氏に話を聞いた。中村氏は「世界最大の人道危機」と呼ばれる「スーダン・ダルフール紛争」の人権擁護活動なども行っていた。
――今年に入り、相次いでSTAP細胞論文が追試されたり、研究に引用されたりしています。
中村公政氏(以下、中村) 独ハイデルベルク大学のSTAP細胞の追試を報告した論文と、今回私が紹介したセントルイス・ワシントン大学の論文は、掲載誌への投稿日が同じで、研究の主題も「がん細胞を酸性浴で多能性を確認する」と同じでした。ハイデルベルク大は研究者の予想に反して多能性の確認まで至らず、結果が思わしくなかった。しかし、アクセプト(編注:学術誌に投稿した論文が審査を受けて掲載されること)された論文内で、STAP論文共著者である笹井芳樹博士へ哀悼の意を表し、この研究が笹井氏の遺志を継承するものであることを示しました。ハイデルベルク大はSTAP論文に書かれた方法でがん細胞を使って実験し、その成果をオランダの学術誌に発表しました。
――ハイデルベルク大の論文では、「STAP論文のプロトコル(実験の手順)で試したが、予想に反して論文と同じ結果は出なかった」と報告されました。一方、セントルイス・ワシントン大学は酸性浴でがん細胞を初期化させることに成功しています。内容はSTAP細胞のプロトコルではありませんが、参考文献として引用されています。
中村 セントルイス・ワシントン大学の場合、投稿してから掲載されるまでの期間が大変長く、新実験が行われ論文の修正が行われた可能性があり、そこで小保方さんが3月に立ち上げたサイト「STAP HOPE PAGE」を参照したのではないでしょうか。
――3月10日に公開されたハイデルベルク大の論文よりも、6月15日に公開されたセントルイス・ワシントン大学の論文のほうが、がん細胞を酸性浴で多能性に導くことに成功しています。やはり「STAP HOPE PAGE」の公開が実験に良いヒントを与えた可能性も大いにありますね。
中村 はい、そう思います。そして程度はともかく、OCT−4マーカーの実験に成功しました。

――細胞が多能性を示すと発現するOCT−4マーカーが、がん細胞から確認されたということは、がんが初期化されたことを意味しますね。酸性浴で細胞のがんの記憶を消したということでしょうか。酸性ががんに及ぼす影響や、がんが治療薬にどう反応するかなど、がんを治療する研究にSTAP細胞論文が引用され、実験成功へのヒントになっています。海外と日本とではまったく対応が違います。
中村 小保方さんは「婦人公論」(中央公論新社/6月14日号)に掲載された作家・瀬戸内寂聴さんとの対談で、海外からのオファーがあると堂々と話しました。セントルイス・ワシントン大メディカルスクール(日本の大学院相当)は、日本では無名ですが現役ノーベル医学生理学賞学者を多数擁する名門です。もしも、そこから小保方さんにオファーがあったとしたら、STAP特許の問題が解決するかもしれません。
――セントルイス・ワシントン大の医学部はアメリカでもっとも入学が難しいといわれていますが、再生医療に関係するベンチャー企業とのつながりも深い。
中村 そうです。また、理研特別顧問の相澤慎一氏がSTAP細胞の検証結果を投稿したサイト「F1000Research」に、英ケンブリッジ大学のオースティン・スミス博士からレビューがあり、以下のように記述されています。
「2つのSTAP論文は今では多くのエラーと不正を認めて撤回されているが、撤回通知は諸結果が再現不可能であると明言するのではなく、単に『我々はSTAP-SC現象が本物であるかどうか疑いなく言うことができない』というだけである。そのため、この研究は科学コミュニティへの価値ある貢献である。小保方氏と連絡が取れないのは不幸なことである。彼女が今回の結論に同意したか確認を取れれば望ましかった。しかし、私は彼女が共著者であるいかなる要件もあるとは思わない。なぜなら彼女は相澤博士の明白な指示監督下でその仕事を行ったからである」

海外で引用され続けるSTAP論文

――このレビューからは、スミス博士が小保方氏の研究に多いに興味を持ったことがうかがえます。
中村 そうですね。この博士は幹細胞の専門家ですから、私は小保方さんがSTAP細胞を研究する道が途絶えたとは思えないのです。海外では5月頃からSTAP細胞論文に関する研究論文発表と特許取得への動きが盛んでした。その頃日本では「婦人公論」の寂聴さんとの対談に登場した小保方さんの姿に興味が集中していました。

――海外ではSTAP細胞論文が引用され、がん細胞治療の研究は進歩していますが、日本で話題になるのは「小保方さんのワンピースが白かった」などといったことばかりです。

中村 遺伝子の操作が不要なストレスの刺激という最先端とはいえない方法で、細胞が多能性を示すことを発見した小保方さんの研究は、それ自体とても重要です。キメラマウスができたかどうかではなく、基礎研究の発展に目を向けるべきなのです。
――ありがとうございました。
 海外では日本で吹き荒れた「噂の域」にすぎない研究者へのネガティブキャンペーンには興味を示さず、論文で報告された研究の概念、発見の価値に科学的意義を求めている。小保方氏の提唱したSTAP細胞の学術的価値に目を向けて、論文を修正する方向にならなかったのは日本の不幸といえる。日本は、自らの同調圧力で取り下げさせたSTAP論文が海外で引用され続けるのを、指をくわえて黙って見ていることしかできないのだろうか。
(文=上田眞実/ジャーナリスト)
posted by Kose at 11:09| STAP

在若山研・博士課程学生(当時)寺下論文「体細胞核リプログラミングの最適化による体細胞クローン動物作出効率の改善に資する研究」

寺下愉加里氏は、2011年頃若山研STAP細胞研究時に在籍していたことが確実であるスタッフの一人である。この論文には、「小保方晴子先生」への謝辞が述べられている。
メディアは寺島氏に取材をした形跡がない。
また論文末尾の謝辞に「小保方晴子先生」への感謝が述べられているが、感謝しているとは思えない。ちなみに東北大所属で大隅典子の子分か???要検証!!!
しかし2011年の時点で、小保方晴子さんが、若山氏や故笹井氏と並んで「先生」と呼ばれる存在感をもっていたことが思わず明らかになる(まだハーバード大所属のポスドクでしかなかったのだが)。


博士論文
体細胞核リプログラミングの最適化による体細胞クローン動物作出効率の改善に資する研究
東北大学大学院農学研究科応用生命科学専攻動物機能科学講座動物生殖科学分野
平成 23 年 4 月博士後期課程進学
寺下愉加里
指導教員 種村健太郎 准教授


PDF
http://ir.library.tohoku.ac.jp/re/bitstream/10097/58298/1/140326-Terashita-1083-1.pdf

画像
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参考資料
http://desktop2ch.net/life/1404143557/

小保方晴子が愛するSTAP細胞
http://essay-hyoron.com/essay42.html
理研のウェブサイトで、小保方ユニットの組織を調べた。予想通り(!)に、彼女のユニットの組織図が抹消されていた。 MEMBERSのページには、「このページは現在作成中です。しばらくお待ちください。」、という素っ気ないメーッセージしかなかった。テレビで、小保方の部下が数人いる、と報道されたことがあった。理研幹部は、小保方ユニットのメンバーの名前が、外部に知られることを恐れているようだ。
・・・・・
小保方の実験の評価ができる研究者として、特に注目しなければならない研究者が3人いることは、共著者を見れば分かる。理研内の、小保方と同じグループに所属している研究者たちだ。

第1報では、現在は山梨大学の教授になっている 若山照彦 。第2報では、若山以外に、 寺下愉加里 と 戸頃美紀子 がいる。寺下は、小保方と同じ2つのグループに所属し、戸頃は、ゲノム・リプログラミング研究チームに所属している。同じ研究室で、小保方と一緒に実験を行っていた寺下と戸頃が、重要な鍵を握っているのは明白だ。
これらの3人娘は、お互いの仕事の中身を完全に把握していただけではなく、おしゃべり仲間だった可能性が高い。プライベートな話も、仕事の合間にやっていたことだろう


Nature Letter (キメラ論文)
Haruko Obokata (小保方晴子), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Mitsutaka Kadota (門田満隆), Munazah Andrabi, Nozomu Takata (高田望), Mikiko Tokoro (野老美紀子), Yukari Terashita (寺下愉加里), Shigenobu Yonemura (米村重信), Charles A Vacanti (チャールズ・バカンティ), Teruhiko Wakayama (若山照彦)
*Article(STAP現象論文)には寺下は名を連ねていない。

そういうわけで2011年〜2014年(小保方研誕生―ニュース映像におぼちゃんの割烹着と一緒に映っている)まで寺下にはチャンスがあった。しかも若山研出身で、大隅典子の東北大出身・所属である。人当たりは、いいやつだろうな。

写真 どちらかは不明
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上とは関係ないが

和モガ・ブログより
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-106.htm
「この1番(マウスすり替え)と2番(129/GFP ES配置)、3番(FES1すり替え)は種類違いますね。」とおっしゃる。いや、よく分かってらっしゃる。「確かに。2、3の被害者は小保方さんじゃなく、調査委員会ですね。でも、3つ揃ってひとつの事件を構成してるんですけど・・・・」。すると、おもむろに、

「この1番、時効になっています。去年の12月に。」

・・・・一瞬、目が点になってしまいました。あー、確かに・・・・。いや、これは、全く頭から抜け落ちていました。道理で、「これ、なんで2011年12月って分かるんですか?」と聞いてくるはずだ。実際には4年前の古い出来事だったんですね。
posted by Kose at 08:06| STAP

2016年09月09日

「盗まれた手紙」と「あの日」と和モガ説のビックリ符合説

「盗まれた手紙」はエドガー・アラン・ポーの有名な推理小説だ。

「盗まれた手紙」あらすじ Wikipedia
とある秋の夕暮れ時、語り手が寄宿しているオーギュスト・デュパンの屋敷に、パリ市警の警視総監であるG...が訪ねてくる。彼はある「珍妙な事件」に手を焼いており、デュパンの助言を請いに来たのだった。それは宮殿において起こった出来事で、「さる高貴な貴婦人」が閨房で私的な手紙を読んでいるとき、ちょうどその手紙のことを知られたくない男性が入ってきたので、引き出しにしまう時間もないままやむを得ずテーブルの上において誤魔化していたところ、そこにさらにD...大臣が入ってきた。彼はすぐにテーブルの上の手紙を見てそれがどういう性質のものであるかを察すると、彼女に業務報告をしたあとでその手紙とよく似た手紙を取り出して読み、その後でテーブルの上に置いた。そしてさらに業務報告を続けた後、帰り際に自分が置いたのでないほうの手紙をまんまと持ち去ってしまった。大臣はこの女性の弱みを握ったことで宮廷内で強大な権力を得るようになり、困り果てた女性は警察に内々の捜索を依頼したのだった。
その手紙の性質上、それは何かあればすぐに取り出し、場合によっては破棄できるように、間違いなく大臣の官邸内にあるはずであった。また身体調査が行なわれる危険を考えれば、大臣が肌身離さず持ち歩いているとは考えられない。警察は大臣の留守の間に官邸を2インチ平方単位で徹底的に調査し、家具はすべて一度解体し、絨毯も壁紙も引き剥がし、クッションには針を入れて調べるという具合で三ヶ月も続けたが、一向に成果が上がっていなかった。事件のあらましを聞いたデュパンは「官邸を徹底的に調査することだ」とだけ助言してG...を帰した。一ヵ月後、再びG...が語り手とデュパンのもとを訪ねてくる。あれから捜査を続けているがいまだに手紙は見つかっておらず、手紙にかけられた懸賞金は莫大な額になっているという。そして「助けてくれたものには誰にでも5万フラン払おう」と言うと、デュパンは小切手を出して5万フランを要求し、サインと引き換えにあっさり件の手紙を渡す。そしてG...が狂喜して帰っていくと、デュパンは語り手に、自分が手紙を手に入れた経緯を説明し始める。
デュパンは事件の経緯や警察の徹底的な捜索、そして大臣の知性を考え合わせて、大臣は手紙を隠すために、それをまったく隠そうとしないという手段に出たのだと推理していた。デュパンは官邸の大臣のもとを、目が悪いのだという口実のもと緑色の眼鏡をかけて訪れ、大臣と世間話に興じる振りをしながら部屋を見渡すと、すぐに壁にかかっているボール紙でできた安物の紙挿しに目をつけた。そこには一通の手紙が堂々と入れられており、それは予め聞いていた件の手紙の特徴とは似ても似つかないボロボロの手紙で、大臣宛の宛名も記されていた。しかしデュパンはこれこそが求める手紙であり、手袋のように裏返しにされて別の手紙のように見せかけているのだと確信し、いったんは官邸を辞去する。そして後日、煙草入れを忘れたという理由で再び官邸を訪れると、予め雇っておいた酔っ払いに騒ぎを起こさせ、大臣がそれに気を取られている隙に、それとよく似せた別の手紙とすりかえたのだった。


「あの日」との符合
よく似た手紙(ES細胞)とすり替え、彼女を脅す口実を手に入れ、それを自分の部屋(小保方研)に堂々と見かけを変えて、置いていた。それで騒ぎが起こった。Oさんは、それがすり替えられたものだと知っているが、手記では書かなかった。その犯人を完全に特定しているが、その犯人については、当然いるはずの人物ながら全く言及されない存在(壁にかかっているボール紙でできた安物の紙挿し)として暗示した。
 「盗まれた手紙」の特徴は、あまりに当然あるものには注意を向けないという点で、小保方さん読書好きなので、意図的かどうかは別として、こういうトリックを使った可能性がある。誰でも若山氏には注意を向けるが「壁にかかっているボール紙でできた安物の紙挿し」には注意を向けないのである。そして小保方さんは安物の紙挿し」の存在を無視することで、何かの感情を伝えているのである。その「安物の紙挿し」は無視されたことを理解しているのである。
 ほとんど言及されない当然いる人物は手記を読めばすぐわかる。
 彼女、頭が良すぎる。不要な名誉棄損や因縁と取られるような記述を全部避け、その人物への評価を暗示するためにこういうトリックを施したのだと想像せざるを得ない。

和モガ説との符合
 完全一致といっていい。小保方さんの謎かけをほとんど完全に読み解いた。
posted by Kose at 17:12| STAP

【和モガ】遠藤トリソミ―解析は戦略的に完全に失敗している

どうしてもリツイ関係があると二重に表示されますが、タグをいじってドツボにはまりたくないので今回は放置します。別途、検討します。
「eSNP-核型分析」の論文はおそらくヘブライ大学論文(Analysis of chromosomal aberrations and recombination by allelic bias in RNA-Seq)のことだと思われる。記事にしてほしいが、まあなかなか理解は難しい。
少なくとも桂委員会は遠藤トリソミー解析対象の試料を無視したということはよく知られている。にもかかわらず遠藤トリソミー信者は多い。
サンプル数が十分多いとトリソミー(染色体が三つある異常)が検出されないことがヘブライ大論文で示されたと和モガ氏は示唆していると思われるが。

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posted by Kose at 10:59| STAP

2016年09月08日

【和モガ】「STAP細胞事件」-石川氏が盗まれたと告発した若山夫人のES細胞とは

和モガ氏による若山清香夫人のES細胞の正体の論考の割と多めの抜粋。若山清香夫人はそのES細胞の存在を知っており、石川氏にそのES細胞の存在を教えたが、小保方研に保管されていたものとは異なった。時期問題だけである程度十分だが、盗難されたと主張したES細胞と小保方研のES細胞が違いすらしたのだということらしい。詳しくは和モガ氏のブログを丁寧に読んでいただきたい。この場合の若山清香氏の教唆は、何に値するのだろうか?

「STAP細胞事件」-石川氏が盗まれたと告発した若山夫人のES細胞とは
和モガ 2016/09/08
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-127.html
以前のエントリー「石川氏は小保方氏が若山夫人のES細胞を盗み、STAP細胞を捏造したと告発していた」で、若山夫人が盗まれたとするES細胞は、「129/GFP ES」だと書いた。・・・
石川氏を納得させ、告発に踏み切らせたとすれば、同じアクロシン入りの129B6F1のES細胞を若山夫人が持っていたことが前提になるからだ。
それが何なのか分からなかったが、大田論文を調べていくなかで、これだろうというES細胞にたどり着いた。

若山夫人が2004年8月に「Biology of Reproduction」に投稿した論文に「Establishment of Male and Female Nuclear Transfer Embryonic Stem Cell Lines from Different Mouse Strains and Tissues」がある
この論文には7つの異なるオスとメスマウスの遺伝子型と3つの細胞型(卵丘細胞核、雌尾先端細胞核、セルトリ細胞核)を核ドナーとして核移植ES細胞を作り、その樹立効率を調べたことが書かれている。
この7つの核移植ドナーになったのは@B6D2F1 (C57BL/6 × DBA/2)、AB6C3F1 (C57BL/6 × C3H/He)、BC57BL/6 、CC3H/He、DDBA/2、EGFP入りB6D2F1 、FGFP入り129B6F1のマウスである。従って、出来たES細胞はそれら7種の核移植ES細胞だったことになる。
若山夫人の論文の第二著者は大田氏である。おそらく、若山夫人の論文に書かれたこのFはそのクローンマウスを作る過程で大田氏が作った核移植ES細胞だったと思われる。
それなら、「FGFP入り129B6F1」のGFPとはアクロシンGFPである。
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石川氏は、それが小保方研にあった「129/GFP ES」の正体だと思い、自信満々で告発したものと思われる。
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しかし、実際には、F(GFP入り129B6F1)は白色マウスの129X1ではなく茶色の129+Terマウスで、受精卵ES細胞ではなく核移植ES細胞で、「129/GFP ES」とは全く関係のないしろものであった。そのため、神戸地検が「事件の発生自体が疑わしい」として幕を引いたということだろう。
和モガ・ブログで全体を読む・・・

posted by Kose at 15:35| STAP

2016年09月07日

小保方晴子さんネイチャー論文また正式に引用される(Nature Communications 2016/7/7) 追加:私訳

阿塁未央児さんの記事で紹介済みですが、独立した記事で。
これもワシントン大同様受付(昨年10月20日)からかなり時間がかかり、あきらかにSTAP HOPE PAGE参照可能後にそれでもまだ時間が経って、6月4日付でアクセプトとなっている。公刊は7月7日である。
これもまたワシントン大のネイチャー姉妹誌菜園ティフック・リポーツにつづき、ネイチャー・コミュニケーションズである。
勘ぐれば、理研ないし文科省にSTAP論文撤回は邪魔だからなんとかしろという意思表示かもしれないし、実際ネイチャーから理研に要請が出ているかもしれない。
過去のことは過去のこととして、科学は科学で評価すべきだ。

さて論文の内容はさっぱりわからない。明日にでもアブストラクトくらい追加で掲載するかもしれない。

ATURE COMMUNICATIONS
Analysis of chromosomal aberrations and recombination by allelic bias in RNA-Seq
(RNA-Seqにおける対立遺伝子のバイアスによる染色体異常と再結合の解析)
http://www.nature.com/ncomms/2016/160707/ncomms12144/full/ncomms12144.html#ref-link-37
Uri Weissbein, Maya Schachter, Dieter Egli & Nissim Benvenisty
*Nissim Benvenistyclose
The Azrieli Center for Stem Cells and Genetic Research, Department of Genetics, Silberman Institute of Life Sciences, The Hebrew University, Jerusalem 91904, Israel

Nature Communications 7, Article number: 12144 doi:10.1038/ncomms12144
Received 20 October 2015 Accepted 04 June 2016 Published 07 July 2016

[Abstract]
Genomic instability has profound effects on cellular phenotypes. Studies have shown that pluripotent cells with abnormal karyotypes may grow faster, differentiate less and become more resistance to apoptosis. Previously, we showed that microarray gene expression profiles can be utilized for the analysis of chromosomal aberrations by comparing gene expression levels between normal and aneuploid samples. Here we adopted this method for RNA-Seq data and present eSNP-Karyotyping for the detection of chromosomal aberrations, based on measuring the ratio of expression between the two alleles. We demonstrate its ability to detect chromosomal gains and losses in pluripotent cells and their derivatives, as well as meiotic recombination patterns. This method is advantageous since it does not require matched diploid samples for comparison, is less sensitive to global expression changes caused by the aberration and utilizes already available gene expression profiles to determine chromosomal aberrations.
(参考、素人の私訳)
ゲノム不安定性は、細胞の表現型に大きな影響を持つ。諸研究は、異常核型を持つ多能性細胞は、成長がより速く、分化がより少なく、アポトーシスに対しより耐性をもつ可能性があることを示している。以前、我々は、マイクロアレイ遺伝子発現プロファイルは、正常試料と異数性の試料間の遺伝子発現レベルを比較することによって、染色体異常の分析に利用することができることを示した。ここで我々はRNA-Seqデータの方法を採用し、二つの対立遺伝子間の発現の比率を測定することに基づきeSNP-核型分析を提示する。我々は、その多能性細胞およびそれらの誘導体とともに減数分裂期組換えパターンにおける染色体増加・欠損を検出する能力を示す。この方法は、それが比較のための適合した二倍体の試料を必要としないため、より有利であり、収差によるグローバル発現の変化の影響を受けにくく、染色体異常を決定するために、既に利用可能な遺伝子発現プロファイルを利用する。

・・・・・
引用元[Article]
Reports on stimulus-triggered acquisition of pluripotency[24] were re-evaluated by multiple analyses, including analysis of the genomic integrity of the mples using comparisons between the published CHIP-Seq data[25]
(私訳:刺激惹起性多能性獲得細胞上のレポート[24]は、複数の分析によって再評価されました。それには公開されたCHIP-Seqデータ間の比較を用いた、試料のゲノムの完全性の分析を含まれます。[25])

引用
・・・・・・
24. Obokata, H. et al. Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency. Nature 505, 641–647 (2014).
25. De Los Angeles, A. et al. Failure to replicate the STAP cell phenomenon. Nature 525, E6–E9 (2015).
http://www.nature.com/ncomms/2016/160707/ncomms12144/full/ncomms12144.html#ref-link-37
posted by Kose at 20:25| STAP

【ryobu-0123】Stap事件−和モガ氏が見事な解明! STAP細胞はちゃんとあります!!!+α

ryobu0123が和モガ氏の3月のツイートをまとめた秀逸なブログ。
和モガ氏の一連のツイートはryobu20123さんのブログでご覧いただきたい。
まだ僕ではわかりかねる部分があるのでryobu0123さんが、ものすごく丁寧で優しい解説を書いてくれると嬉しい。

今日和モガ氏が興味深いツイートをしたのでそれも掲載しておく





Stap事件−和モガ氏が見事な解明! STAP細胞はちゃんとあります!!!
ryobu-0123のブログ 2016/3/23
http://ryobu.hatenablog.com/entry/2016/03/23/004453
2015年7月22日から8か月に亘って、「和モガ」というブロガーがこの事件に関してFC2ブログで鋭く交錯する不自然な問題点を究明していたので注目していたが、見事に解明を完了した模様だ。
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-81.html#more
STAP幹細胞が作製されていて、キメラマウスなどのSTAP現象が存在したのは事実であることを彼は証明できた。
なぜなら、理研のいわゆる桂調査委員会の結論の「STAP細胞はES細胞の混入」とした結論に対して、
その根拠として示された試料履歴と科学的な解析データを、残された時系列的な資料や証言などと対比して整理すると、矛盾点が明白になった。
その矛盾点は「ES細胞の混入があったように偽装した」事件と仮定すれば解決でき、逆に「STAP幹細胞があった」とすれば全く矛盾は生じないことを立証したようだ。

和モガ氏を讃えるともに、私のブログに紹介させてもらいます。
ryobu0123のブログを見る・・・
posted by Kose at 15:14| STAP

ぼくはミステリを読まない

STAP細胞事件を題材にした講談社の安っぽいミステリ

「水鏡推理2 インパクトファクター」著:松岡圭祐

というものの紹介があったので一昨日夜中Kindle版で流し読みをした。「小保方晴子さんに声援を送ろう」で短く論評しているので繰り返さない。

〜の場合、〜だ。

というのは論理的のように見えるが、これは何の知識も増やさない。論理と言うのは既知の事態の関連の評価でしかない。

ある現象があり、それが単純な錯覚や、誤さではない場合、いったいそれはなぜどのように生じたのかというのが科学である。

馬鹿の一つ覚えで言えば、必要条件(結果)から十分条件(原因)を推測するのである。これは推測である。ひとつの原因がひとつの結果を生んでいるとは言えないからである。そのためある原因以外を推測できる他の結果をできる限り多く試して、確かにこの原因であるということを示す必要がある(錯覚や誤差の除去もそのうちである)。確立した法則や技術が確立している場合は、ほぼある諸結果からある原因を推測してかまわない。

熱が出て、ウィルスが検出されれば、ウィルス性の病気である。ウィルスが発見されたからと言って発病しないことも知られている云々。

STAP細胞についてやっていることは推論ではないし、まして科学でもない。

能力がない。高校生物も勉強してない。

そうじゃなくて人の評価がどれくらい妥当かとか、飛躍がないかとかはやる。

それより実際に世界の事態が動くことを待って知らせること(ニュース)の方が圧倒的にインパクトがあるのである。

なので過去の詮索にはあまり興味がないのである。それはミステリが過去の事件を詮索するに過ぎないのと同じように。ミステリであっても、人物や描写が素敵なら小説として素敵だ。トリックと真犯人なんかどうでもいいのである。

なのでSTAP細胞についてもトリックと真犯人に擁護派の皆さんが抱くほど関心がないのである。

ぼくのスタイルは、諸状況を踏まえて、賭けに勝つことである。これは現実がそのように動かない限り「勝つ」ことはないのである。

哲学も好きだが、それは、あほな前提で議論していないかを確かめるツールとしてである。

社会とはどの程度個人の集合以上のものであるか?

こういうのは気づかないだろうけど大きな不確かな前提を含んである。そういうことを分析するのはそれはそれで面白いというだけである。

Free Speech Act

「形而上学を社会化する」へ「神経科学と哲学」は中止
投稿日: 2016年9月7日 投稿者: gkosegnakamura
とてもではないが、現在の日本の知的レベルでは高級すぎる。

1980年代の心の哲学の議論も踏まえないで脳科学やら人工知能やらお話にならない。

基本的に脳は生物学の器官であり、生物学的な背景からの進化論的産物であるという単純な前提もわからないままだ。まあ論じても徒労感におそわれるので書かない。

それに代わり、ぜんぜんイケてない社会学のオルターナティブである社会の哲学についてやる。とうとうできそうな気がしてきた。サールの集合的志向性は、方法論的個人主義には有効だが、ほとんどの社会科学が扱うような一見客観的な事象をすべて派生的副次効果で片づけている気がする。

それを踏まえて議論が深まった、フレデリック・E・シュミット編「形而上学を社会化する:社会的現実の本性」(Socializing Metaphysics: The Nature of Social Reality)をゆっくりやるつもりだ。


この10年哲学は社会的世界 − 社会関係、社会的実体、社会性それ自体 − への伸展する関心を見てきた。社会規範、慣習、規則、役割についての形而上学において多くの議論があった。大量の注意が集合性 − 社会集団、アソシエーション、企業法人 − の本性に集まった。認識論者は、社会関係に関する知識の依存性に困惑してきた。そして倫理学者や政治哲学者たちは集団的責任や集団の権利を探求してきた。この本の各章は、社会の形而上学における問題を提起する。

 事実上、社会の形而上学におけるすべての議論は個人がどのように社会的関係や集合性に現れるかに変わった。カギとなる問題は社会的関係が非社会的関係や個人の特性以上の有意義な何かになるかどうか、集合性が非社会的関係にいるメンバー以上のものになるかどうかである。「個人主義者」は社会関係や集合性が個人の連合や非社会的関係以上のものになることを否定する一方、その敵対者 − 「全体論者」(holist)、「集合性主義者」 − は反対を肯定する。この本の一部は個人主義と全体論(holosim)間の議論に貢献する。個人主義者と全体論者間の議論の根底にあるのは、われわれが社会関係や集合性から独立して個人を理解できないというルートヴィヒ・ウィトゲンシュタインによって影響された一部の哲学者たち − 著名なのはピーター・ウィンチ(1990) − によって古くから疑問に付された仮定である。この仮定は、単に個人が考え、行為し、言語を話すような特性をもつため、個人は社会関係や集合性にすでに拘束されているということを理由に否定されてきた。この本のふたつの章は思考、行為、言語の発話が、社会関係や集合性とは独立に理解しえるという仮定を解決する。

 個人主義者とその論敵の間の議論は、われわれの社会的か、でないかとしての共通の問題の素朴な分類に大ざっぱに後退することを仮定しがちであった。だが、「社会構成主義者」は人種、ジェンダーのような非社会的であると素朴に見なされる世界の諸側面が、社会的に構成されているという洞察に変えると論じた。どの程度社会性は明らかな非社会的世界におよぶのかという疑問がある。また社会構成主義者のこれらの現象の説明が本当に自然主義者の説明と相いれないかどうか疑問もある。この本のふたつの章が、社会構成主義について論じる

 この序論で、私は社会の形而上学における重要な問題の基本構造をレビューする。私は社会関係と集合性が個人とその非社会的関係の受けの世界に何かを付け加えるのかどうかの問題から始める。

posted by Kose at 12:28| 日記

2016年09月05日

ブルーノート東京の一番安い料理「ツイスト・フライドポテト」?

ブルーノート東京の貧乏なオーディエンス御用達のねじねじのフライドポテト

隣の席の学生らしき連中は、ビールしか頼まず、ねじねじすら頼んでなかった。来る場所間違えてんだよ。

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おやじ二人は、これを見ながら「ひねり王子」とか三重のを見つけて「シライ3」とか開演前、盛り上がっていた。

どうせならということでお前「ひねり玉子」という菓子か惣菜作れとか僕は言ったのだが、いったいどういうものが「ひねり玉子」であるか二人とも思いつかなかったので製品化は見送られた。

そういう話をしたのを思い出した。

その他南青山を夜歩く女性は、必ずしも美人ではないが、シックな色調の服しか着ないものの、表参道駅を出入りする女性ははるかに美人率が高いという珍現象を観察した。

それで、有楽町線で池袋へ向かうと思った通り、どんどん色遣いが多くなる傾向も確認した。

これがライフスタイル相関貧困率というものを想定しなければならない大きな理由である。

あと何を話したかよく覚えていない・・・かなり疲れた。
posted by Kose at 12:42| 日記

"Already Gone(my acoustic ply)" をLANDR(AIマスタリングサービス)でリマスター

LANDR
https://www.landr.com/ja

違うのかな?サイト上で比較するとだいぶファットになっているんだが・・・
リマスター版


オリジナル版


posted by Kose at 08:24| My Music